雜交探針(英語:Hybridization probe)又稱核酸探針(指核酸雜交),是一小段單鏈DNA片段(十幾到幾百個鹼基),用於檢測與其互補核酸序列。雙鏈DNA加熱變性成爲單鏈,隨後用放射性同位素(通常用32P)、荧光染料或者(如辣根過氧化物酶)標記成爲探針。32P通常被摻入組成DNA的四種核苷酸之一的磷酸基團中,而螢光染料和酶與核酸序列以共價鍵相連。

當將探針與樣品雜交時,探針和與其互補的核酸(DNARNA)序列通過氫鍵緊密相連,隨後,未被雜交的多餘探針被洗去。最後,根據探針的種類,可進行放射自顯影荧光顯微鏡、酶聯放大等方法來判斷樣品中是否含有,或者何位置含有被測序列(即與探針互補的序列)。

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