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有某基因的频率=该种群某基因的总数/该种群某基因和其等位基因的总数

如若二倍体生物的某一基因位点上有一对等位基因A和a，则该种群中相关的基因型可能有AA、Aa、aa三种，如果他们的个数分别是N1、N2、N3，则该种群

A的基因频率= 2 N1+ N2 / 2（ N1+ N2 +N3） ×100% 
a基因频率= N2+ 2N3 / 2（ N1+ N2 +N3） ×100%

当某基因位于性染色体上时，计算方法则与常染色有所差异。比如伴X染色体遗传中，在Y染色体上往往没有该基因和其等位基因（伴Y染色体遗传中，则X染色体上没有该基因和其等位基因），因此在计算基因的总数时，应只考虑X染色体（或Y染色体）上的基因总数。