别部司马，是中国古代汉朝武官职位之一。秦汉时将军所领的士兵分部由军司马统率，其他统领别部者，称别部司马。
东汉三国担任别部司马
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- 夏侯渊《三国志·魏书·诸夏侯曹传第九》：太祖起兵，以别部司马、骑都尉从，迁陈留、颍川太守。
- 曹仁《三国志·魏书·诸夏侯曹传第九》：仁亦阴结少年，得千余人，周旋淮、泗之间，遂从太祖，为别部司马，行厉锋校尉。
- 张脩《三国志·魏书·二公孙陶四张传第八》：益州牧刘焉以鲁为督义司马，与别部司马张脩将兵击汉中太守苏固。
- 黄盖《三国志·吴书·程黄韩蒋周陈董甘凌徐潘丁传第十》：孙坚举义兵，盖从之。坚南破山贼，北走董卓，拜盖别部司马。
- 韩当《三国志·吴书·程黄韩蒋周陈董甘凌徐潘丁传第十》：以便弓马，有膂力，幸于孙坚，从征伐周旋，数犯危难，陷敌擒虏，为别部司马。
- 蒋钦《三国志·吴书·程黄韩蒋周陈董甘凌徐潘丁传第十》：孙策之袭袁术，钦随从给事。及策东渡，拜别部司马，授兵。
- 周泰《三国志·吴书·程黄韩蒋周陈董甘凌徐潘丁传第十》：与蒋钦随孙策为左右，服事恭敬，数战有功。策入会稽，署别部司马，授兵。
- 陈武《三国志·吴书·程黄韩蒋周陈董甘凌徐潘丁传第十》：孙策在寿春，武往脩谒，时年十八，长七尺七寸，因从渡江，征讨有功，拜别部司马。
- 董袭《三国志·吴书·程黄韩蒋周陈董甘凌徐潘丁传第十》：时山阴宿贼黄龙罗、周勃聚党数千人，策自出讨，袭身斩罗、勃首，还拜别部司马，授兵数千，迁扬武都尉。
- 凌统《三国志·吴书·程黄韩蒋周陈董甘凌徐潘丁传第十》：统年十五，左右多称述者，权亦以操死国事，拜统别部司马，行破贼都尉，使摄父兵。
- 徐盛《三国志·吴书·程黄韩蒋周陈董甘凌徐潘丁传第十》：孙权统事，以为别部司马，授兵五百人，守柴桑长，拒黄祖。
- 潘璋《三国志·吴书·程黄韩蒋周陈董甘凌徐潘丁传第十》：权奇爱之，因使召募，得百余人，遂以为将。讨山贼有功，署别部司马。
