依据 DeepFin 鱼类分类学网站所采纳的分类方案（即2017年美国学者 Betancur-R 等人修订的硬骨鱼系统发育分类），辐鳍鱼总纲内部的整体分化关系如下[2]：
基于以上分类系统，辐鳍鱼总纲分为70个目，各目之间的演化关系如下[2]：
| 省略分类层级如下：
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| 辐鳍鱼总纲
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鲈形亚类 Percomorphaceae（继下）
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金鳞鱼目 Holocentriformes
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金眼鲷目 Beryciformes
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燧鲷目 Trachichthyiformes
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须鳂目 Polymixiiformes
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鳕形目 Gadiformes
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鞭尾鱼目 Stylephoriformes
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海鲂目 Zeiformes
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鲑鲈目 Percopsiformes
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月鱼目 Lampriformes
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灯笼鱼目 Myctophiformes
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仙女鱼目 Aulopiformes
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辫鱼目 Ateleopodiformes
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鲑形目 Salmoniformes
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狗鱼目 Esociformes
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南乳鱼目 Galaxiiformes
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水珍鱼目 Argentiniformes
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鳞南乳鱼目 Lepidogalaxiiformes
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鲇形目 Siluriformes
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电鳗目 Gymnotiformes
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脂鲤目 Characiformes
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鲤形目 Cypriniformes
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鼠鱚目 Gonorynchiformes
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黑头鱼目 Alepocephaliformes
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鲱形目 Clupeiformes
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骨舌鱼目 Osteoglossiformes
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月眼鱼目 Hiodontiformes
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鳗鲡目 Anguilliformes
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棘鳗目 Notacanthiformes
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北梭鱼目 Albuliformes
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海鲢目 Elopiformes
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弓鳍鱼目 Amiiformes
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雀鳝目 Lepidosteiformes
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鲟形目 Acipenseriformes
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多鳍鱼目 Polypteriformes
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| Actinopterygii
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| （继上）鲈形亚类
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鲀形目 Tetraodontiformes
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𩽾𩾌目 Lophiiformes
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菱鲷目 Caproiformes
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大眼鲷目 Priacanthiformes
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鲷形目 Spariformes
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松鲷目 Lobotiformes
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笛鲷目 Lutjaniformes
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刺尾鲷目 Acanthuriformes
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蝴蝶鱼目 Chaetodontiformes
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白鲳目 Ephippiformes
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日鲈目 Centrarchiformes
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拟金眼鲷目 Pempheriformes
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鲈形目 Perciformes
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䲢形目 Uranoscopiformes
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隆头鱼目 Labriformes
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银鲈目 Gerreiformes
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银汉鱼目 Atheriniformes
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鳉形目 Cyprinodontiformes
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鹤鱵目 Beloniformes
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慈鲷目 Cichliformes
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鳚形目 Blenniiformes
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喉盘鱼目 Gobiesociformes
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鲻形目 Mugiliformes
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鲹形目 Carangiformes
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旗鱼目 Istiophoriformes
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鲽形目 Pleuronectiformes
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攀鲈目 Anabantiformes
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合鳃目 Synbranchiformes
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鲭形目 Scombriformes
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海龙鱼目 Syngnathiformes
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蟾鱼目 Batrachoidiformes
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鼬鱼目 Ophidiiformes
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| Percomorphaceae
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| 详细分类层级如下：
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| （继上）鲱头鱼总群
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| 正真骨鱼群
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| 原棘鳍亚群
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鲑形目 Salmoniformes
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狗鱼目 Esociformes
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南乳鱼目 Galaxiiformes
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水珍鱼目 Argentiniformes
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| Protacanthopterygii
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| Euteleosteomorpha
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| 骨鲱群
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| 骨鳔亚群
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| 耳鳔派O
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| 鲇形总目
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鲇形目 Siluriformes
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电鳗目 Gymnotiformes
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| Siluriphysae
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| 脂鲤总目
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脂鲤目 Characiformes
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| Characiphysae
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| 鲤形总目
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鲤形目 Cypriniformes
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| Cypriniphysae
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| Otophysa
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| 无耳鳔派
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鼠鱚目 Gonorynchiformes
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| Anotophysa
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| Ostariophysi
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| 黑头鱼亚群
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黑头鱼目 Alepocephaliformes
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| Alepocephali
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| Otomorpha
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| Clupeocephala
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| （继上）棘鳍亚派
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| 棘鳍类
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| 鲈形亚类
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（继下）
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| Percomorphaceae
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| 金鳞鱼亚类
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金鳞鱼目 Holocentriformes
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| Holocentrimorphaceae
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| 金眼鲷亚类
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金眼鲷目 Beryciformes
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燧鲷目 Trachichthyiformes
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| Berycimorphaceae
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| Acanthopterygii
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| 须鳂类
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须鳂目 Polymixiiformes
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| Polymixiipterygii
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| 副棘鳍类
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| Zeiogadaria
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| 鲑鲈系
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鲑鲈目 Percopsiformes
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| Percopsaria
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| Paracanthopterygii
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| 月鱼类
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月鱼目 Lampriformes
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| Lampripterygii
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| Acanthomorphata
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| （继上）鲈形亚类
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| 真鲈形系
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鲀形目 Tetraodontiformes
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𩽾𩾌目 Lophiiformes
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菱鲷目 Caproiformes
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大眼鲷目 Priacanthiformes
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鲷形目 Spariformes
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松鲷目 Lobotiformes
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笛鲷目 Lutjaniformes
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刺尾鲷目 Acanthuriformes
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蝴蝶鱼目 Chaetodontiformes
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白鲳目 Ephippiformes
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日鲈目 Centrarchiformes
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拟金眼鲷目 Pempheriformes
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鲈形目 Perciformes
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䲢形目 Uranoscopiformes
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隆头鱼目 Labriformes
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银鲈目 Gerreiformes
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| Eupercaria
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| 卵附系
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银汉鱼目 Atheriniformes
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鳉形目 Cyprinodontiformes
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鹤鱵目 Beloniformes
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| Atherinomorphae
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| 慈鲷总目
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慈鲷目 Cichliformes
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| Cichlomorphae
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| 鳚形总目
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鳚形目 Blenniiformes
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喉盘鱼目 Gobiesociformes
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| Blenniimorphae
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| 鲻形总目
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鲻形目 Mugiliformes
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| Mugilomorphae
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| Ovalentaria
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| 鲹形系
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鲹形目 Carangiformes
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旗鱼目 Istiophoriformes
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鲽形目 Pleuronectiformes
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| Carangaria
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| 攀鲈系
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攀鲈目 Anabantiformes
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合鳃目 Synbranchiformes
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| Anabantaria
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| 蟾鱼系
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蟾鱼目 Batrachoidiformes
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| Batrachoidaria
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| 鼬鱼系
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鼬鱼目 Ophidiiformes
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| Ophidiaria
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| Percomorphaceae
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传统上，辐鳍鱼分为三个类群：软骨硬鳞附类、全骨附类和真骨附类，几乎所有的现生辐鳍鱼都属于真骨附类。有学者根据一些形态学证据，认为全骨附类是并系群，故应废除。然而，近来的线粒体 DNA 分析却倾向支持全骨附类的存在。
辐鳍鱼总纲的下级分类按分化时间早晚罗列如下，许多传统类群因存在并系问题而不再有效，符号 † 表示已灭绝：
- 腕鳍鱼纲 Cladistia
- 多鳍鱼目 Polypteriformes
- 吉尔戴鱼目 Guildayichthyiformes †
- 辐鳍鱼纲 Actinopteri
-
- 软骨硬鳞亚纲 Chondrostei
- 鲟形目 Acipenseriformes
- 卢加诺鱼目 Luganoiiformes †
- 古鳕目 Palaeonisciformes †
- 侧鳞鱼目 Pholidopleuriformes †
- 裂齿鱼目 Perleidiformes †
- 肋鳞鱼目 Peltopleuriformes †
- 褶鳞鱼目 Ptycholepiformes †
- 龙鱼目 Saurichthyiformes †
- 鳗鳕目 Tarrasiiformes †
- 硬齿鱼目 Pycnodontiformes †
- 比耶鱼目 Birgeriiformes †
- 新鳍亚纲 Neopterygii
-
- 全骨下纲 Holostei
- 雀鳝目 Lepisosteiformes
- 弓鳍鱼目 Amiiformes
- 预言鱼目 Ionoscopiformes †
- 半椎鱼目 Semionotiformes †
- 真骨下纲 Teleostei
- 薄鳞鱼目 Leptolepiformes †
- 厚茎鱼目 Pachycormiformes †
- 针吻鱼目 Aspidorhynchiformes †
- 叉鳞鱼目 Pholidophoriformes †
- Crossognathiformes †
- 骨舌鱼总目 Osteoglossomorpha
- 骨舌鱼目 Osteoglossiformes
- 月眼鱼目 Hiodontiformes
- 狼鳍鱼目 Lycopteriformes †
- 乞丐鱼目 Ichthyodectiformes †
- 海鲢总目 Elopomorpha
- 海鲢目 Elopiformes
- 北梭鱼目 Albuliformes
- 背棘鱼目 Notacanthiformes
- 鳗鲡目 Anguilliformes
- 囊鳃鳗目 Saccopharyngiformes
- 鲱形总目 Clupeomorpha
- 鲱形目 Clupeiformes
- 埃笠姆鲱目 Ellimmichthyiformes †
- 骨鳔总目 Ostariophysi
- 鼠𬶮目 Gonorynchiformes
- 鲤形目 Cypriniformes
- 脂鲤目 Characiformes
- 电鳗目 Gymnotiformes
- 鲶形目 Siluriformes
- 黑头鱼目 Alepocephaliformes ?
- 原棘鳍总目 Protacanthopterygii
- 鲑形目 Salmoniformes
- 狗鱼目 Esociformes
- 水珍鱼目 Actinopterygii
- 南乳鱼目 Galaxiiformes
- 巨口鱼总目 Stenopterygii
- 辫鱼目 Ateleopodiformes
- 胡瓜鱼目 Osmeriformes
- 巨口鱼目 Stomiiformes
- 圆鳞总目 Cyclosquamata
- 灯笼鱼总目 Scopelomorpha
- 月鱼总目 Lampridiomorpha
- 须鳂总目 Polymyxiomorpha
- 副棘鳍总目 Paracanthopterygii
- 鲑鲈目 Percopsiformes
- 蟾鱼目 Batrachoidiformes
- 𩽾𩾌目 Lophiiformes
- 鳕形目 Gadiformes
- 鼬鱼目 Ophidiiformes
- 棘鳍总目 Acanthopterygii
- 鲻形目 Mugiliformes
- 银汉鱼目 Atheriniformes
- 鹤鱵目 Beloniformes
- 鲤齿目 Cyprinodontiformes
- 奇鲷目 Stephanoberyciformes
- 鲸头鱼目 Cetomimiformes
- 金眼鲷目 Beryciformes
- 燧鲷目 Trachichthyiformes
- 背棘鱼目 Notacanthiformes
- 海鲂目 Zeiformes
- 刺鱼目 Gasterosteiformes
- 合鳃目 Synbranchiformes
- 鲀形目 Tetraodontiformes
- 鲽形目 Pleuronectiformes
- 鲉形目 Scorpaeniformes
- 鲈形目 Perciformes
注：在传统分类中，鲈形目是辐鳍鱼里种类最多的一目，共有7800余种，约占辐鳍鱼全部种类的40%。
- ^ 1.0 1.1 Betancur-R, R.; Wiley, E.; Bailly, N.; Miya, M.; Lecointre, G. & Ortí, G. Phylogenetic Classification of Bony Fishes — Version 3. DeepFin. 2014-07-31 [2021-03-03]. （原始内容存档于2021-05-16）.
- ^ 2.0 2.1 2.2 2.3 Betancur-R., R.; Wiley, E.O.; Arratia, G.; Acero, A.; Bailly, N.; Miya, M.; Lecointre, G. & Ortí, G. Phylogenetic classification of bony fishes. BMC Evolutionary Biology. 2017, 17 (162). OCLC 7079229862. PMC 5501477
. PMID 28683774. S2CID 26509184 . doi:10.1186/s12862-017-0958-3 .
