依據 DeepFin 魚類分類學網站所採納的分類方案（即2017年美國學者 Betancur-R 等人修訂的硬骨魚系統發育分類），條鰭魚總綱內部的整體分化關係如下[2]：
基於以上分類系統，條鰭魚總綱分為70個目，各目之間的演化關係如下[2]：
| 省略分類層級如下：
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| 條鰭魚總綱
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鱸形亞類 Percomorphaceae（繼下）
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金鱗魚目 Holocentriformes
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金眼鯛目 Beryciformes
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燧鯛目 Trachichthyiformes
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須鰃目 Polymixiiformes
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鱈形目 Gadiformes
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鞭尾魚目 Stylephoriformes
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海魴目 Zeiformes
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鮭鱸目 Percopsiformes
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月魚目 Lampriformes
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燈籠魚目 Myctophiformes
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仙女魚目 Aulopiformes
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辮魚目 Ateleopodiformes
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鮭形目 Salmoniformes
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狗魚目 Esociformes
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南乳魚目 Galaxiiformes
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水珍魚目 Argentiniformes
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鱗南乳魚目 Lepidogalaxiiformes
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鮎形目 Siluriformes
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電鰻目 Gymnotiformes
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脂鯉目 Characiformes
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鯉形目 Cypriniformes
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鼠鱚目 Gonorynchiformes
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黑頭魚目 Alepocephaliformes
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鯡形目 Clupeiformes
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骨舌魚目 Osteoglossiformes
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月眼魚目 Hiodontiformes
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鰻鱺目 Anguilliformes
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棘鰻目 Notacanthiformes
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北梭魚目 Albuliformes
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海鰱目 Elopiformes
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弓鰭魚目 Amiiformes
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雀鱔目 Lepidosteiformes
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鱘形目 Acipenseriformes
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多鰭魚目 Polypteriformes
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| Actinopterygii
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| （繼上）鱸形亞類
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魨形目 Tetraodontiformes
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鮟鱇目 Lophiiformes
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菱鯛目 Caproiformes
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大眼鯛目 Priacanthiformes
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鯛形目 Spariformes
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松鯛目 Lobotiformes
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笛鯛目 Lutjaniformes
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刺尾鯛目 Acanthuriformes
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蝴蝶魚目 Chaetodontiformes
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白鯧目 Ephippiformes
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日鱸目 Centrarchiformes
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擬金眼鯛目 Pempheriformes
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鱸形目 Perciformes
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鰧形目 Uranoscopiformes
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隆頭魚目 Labriformes
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銀鱸目 Gerreiformes
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銀漢魚目 Atheriniformes
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鱂形目 Cyprinodontiformes
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鶴鱵目 Beloniformes
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慈鯛目 Cichliformes
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䲁形目 Blenniiformes
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喉盤魚目 Gobiesociformes
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鯔形目 Mugiliformes
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鰺形目 Carangiformes
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旗魚目 Istiophoriformes
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鰈形目 Pleuronectiformes
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攀鱸目 Anabantiformes
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合鰓目 Synbranchiformes
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鯖形目 Scombriformes
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海龍魚目 Syngnathiformes
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蟾魚目 Batrachoidiformes
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鼬魚目 Ophidiiformes
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| Percomorphaceae
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| 詳細分類層級如下：
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| （繼上）鯡頭魚總群
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| 正真骨魚群
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| 原棘鰭亞群
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鮭形目 Salmoniformes
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狗魚目 Esociformes
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南乳魚目 Galaxiiformes
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水珍魚目 Argentiniformes
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| Protacanthopterygii
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| Euteleosteomorpha
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| 骨鯡群
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| 骨鰾亞群
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| 耳鰾派O
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| 鯰形總目
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鯰形目 Siluriformes
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電鰻目 Gymnotiformes
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| Siluriphysae
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| 脂鯉總目
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脂鯉目 Characiformes
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| Characiphysae
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| 鯉形總目
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鯉形目 Cypriniformes
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| Cypriniphysae
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| Otophysa
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| 無耳鰾派
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鼠鱚目 Gonorynchiformes
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| Anotophysa
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| Ostariophysi
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| 黑頭魚亞群
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黑頭魚目 Alepocephaliformes
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| Alepocephali
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| Otomorpha
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| Clupeocephala
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| （繼上）棘鰭亞派
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| 棘鰭類
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| 鱸形亞類
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（繼下）
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| Percomorphaceae
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| 金鱗魚亞類
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金鱗魚目 Holocentriformes
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| Holocentrimorphaceae
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| 金眼鯛亞類
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金眼鯛目 Beryciformes
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燧鯛目 Trachichthyiformes
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| Berycimorphaceae
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| Acanthopterygii
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| 須鰃類
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須鰃目 Polymixiiformes
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| Polymixiipterygii
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| 副棘鰭類
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| Zeiogadaria
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| 鮭鱸系
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鮭鱸目 Percopsiformes
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| Percopsaria
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| Paracanthopterygii
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| 月魚類
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月魚目 Lampriformes
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| Lampripterygii
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| Acanthomorphata
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| （繼上）鱸形亞類
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| 真鱸形系
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魨形目 Tetraodontiformes
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鮟鱇目 Lophiiformes
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菱鯛目 Caproiformes
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大眼鯛目 Priacanthiformes
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鯛形目 Spariformes
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松鯛目 Lobotiformes
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笛鯛目 Lutjaniformes
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刺尾鯛目 Acanthuriformes
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蝴蝶魚目 Chaetodontiformes
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白鯧目 Ephippiformes
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日鱸目 Centrarchiformes
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擬金眼鯛目 Pempheriformes
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鱸形目 Perciformes
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鰧形目 Uranoscopiformes
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隆頭魚目 Labriformes
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銀鱸目 Gerreiformes
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| Eupercaria
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| 卵附系
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銀漢魚目 Atheriniformes
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鱂形目 Cyprinodontiformes
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鶴鱵目 Beloniformes
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| Atherinomorphae
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| 慈鯛總目
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慈鯛目 Cichliformes
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| Cichlomorphae
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| 䲁形總目
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䲁形目 Blenniiformes
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喉盤魚目 Gobiesociformes
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| Blenniimorphae
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| 鯔形總目
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鯔形目 Mugiliformes
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| Mugilomorphae
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| Ovalentaria
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| 鰺形系
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鰺形目 Carangiformes
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旗魚目 Istiophoriformes
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鰈形目 Pleuronectiformes
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| Carangaria
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| 攀鱸系
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攀鱸目 Anabantiformes
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合鰓目 Synbranchiformes
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| Anabantaria
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| 蟾魚系
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蟾魚目 Batrachoidiformes
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| Batrachoidaria
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| 鼬魚系
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鼬魚目 Ophidiiformes
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| Ophidiaria
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| Percomorphaceae
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傳統上，條鰭魚分為三個類群：軟骨硬鱗附類、全骨附類和真骨附類，幾乎所有的現生條鰭魚都屬於真骨附類。有學者根據一些形態學證據，認為全骨附類是並系群，故應廢除。然而，近來的粒線體 DNA 分析卻傾向支持全骨附類的存在。
條鰭魚總綱的下級分類按分化時間早晚羅列如下，許多傳統類群因存在並系問題而不再有效，符號 † 表示已滅絕：
- 腕鰭魚綱 Cladistia
- 多鰭魚目 Polypteriformes
- 吉爾戴魚目 Guildayichthyiformes †
- 條鰭魚綱 Actinopteri
-
- 軟骨硬鱗亞綱 Chondrostei
- 鱘形目 Acipenseriformes
- 盧加諾魚目 Luganoiiformes †
- 古鱈目 Palaeonisciformes †
- 側鱗魚目 Pholidopleuriformes †
- 裂齒魚目 Perleidiformes †
- 肋鱗魚目 Peltopleuriformes †
- 褶鱗魚目 Ptycholepiformes †
- 龍魚目 Saurichthyiformes †
- 鰻鱈目 Tarrasiiformes †
- 硬齒魚目 Pycnodontiformes †
- 比耶魚目 Birgeriiformes †
- 新鰭亞綱 Neopterygii
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- 全骨下綱 Holostei
- 雀鱔目 Lepisosteiformes
- 弓鰭魚目 Amiiformes
- 預言魚目 Ionoscopiformes †
- 半椎魚目 Semionotiformes †
- 真骨下綱 Teleostei
- 薄鱗魚目 Leptolepiformes †
- 厚莖魚目 Pachycormiformes †
- 針吻魚目 Aspidorhynchiformes †
- 叉鱗魚目 Pholidophoriformes †
- Crossognathiformes †
- 骨舌魚總目 Osteoglossomorpha
- 骨舌魚目 Osteoglossiformes
- 月眼魚目 Hiodontiformes
- 狼鰭魚目 Lycopteriformes †
- 乞丐魚目 Ichthyodectiformes †
- 海鰱總目 Elopomorpha
- 海鰱目 Elopiformes
- 北梭魚目 Albuliformes
- 背棘魚目 Notacanthiformes
- 鰻鱺目 Anguilliformes
- 囊鰓鰻目 Saccopharyngiformes
- 鯡形總目 Clupeomorpha
- 鯡形目 Clupeiformes
- 埃笠姆鯡目 Ellimmichthyiformes †
- 骨鰾總目 Ostariophysi
- 鼠鱚目 Gonorynchiformes
- 鯉形目 Cypriniformes
- 脂鯉目 Characiformes
- 電鰻目 Gymnotiformes
- 鯰形目 Siluriformes
- 黑頭魚目 Alepocephaliformes ?
- 原棘鰭總目 Protacanthopterygii
- 鮭形目 Salmoniformes
- 狗魚目 Esociformes
- 水珍魚目 Actinopterygii
- 南乳魚目 Galaxiiformes
- 巨口魚總目 Stenopterygii
- 辮魚目 Ateleopodiformes
- 胡瓜魚目 Osmeriformes
- 巨口魚目 Stomiiformes
- 圓鱗總目 Cyclosquamata
- 燈籠魚總目 Scopelomorpha
- 月魚總目 Lampridiomorpha
- 鬚鰃總目 Polymyxiomorpha
- 副棘鰭總目 Paracanthopterygii
- 鮭鱸目 Percopsiformes
- 蟾魚目 Batrachoidiformes
- 鮟鱇目 Lophiiformes
- 鱈形目 Gadiformes
- 鼬魚目 Ophidiiformes
- 棘鰭總目 Acanthopterygii
- 鯔形目 Mugiliformes
- 銀漢魚目 Atheriniformes
- 鶴鱵目 Beloniformes
- 鯉齒目 Cyprinodontiformes
- 奇鯛目 Stephanoberyciformes
- 鯨頭魚目 Cetomimiformes
- 金眼鯛目 Beryciformes
- 燧鯛目 Trachichthyiformes
- 背棘魚目 Notacanthiformes
- 海魴目 Zeiformes
- 刺魚目 Gasterosteiformes
- 合鰓目 Synbranchiformes
- 魨形目 Tetraodontiformes
- 鰈形目 Pleuronectiformes
- 鮋形目 Scorpaeniformes
- 鱸形目 Perciformes
註：在傳統分類中，鱸形目是條鰭魚里種類最多的一目，共有7800餘種，約占條鰭魚全部種類的40%。
- ^ 1.0 1.1 Betancur-R, R.; Wiley, E.; Bailly, N.; Miya, M.; Lecointre, G. & Ortí, G. Phylogenetic Classification of Bony Fishes — Version 3. DeepFin. 2014-07-31 [2021-03-03]. （原始內容存檔於2021-05-16）.
- ^ 2.0 2.1 2.2 2.3 Betancur-R., R.; Wiley, E.O.; Arratia, G.; Acero, A.; Bailly, N.; Miya, M.; Lecointre, G. & Ortí, G. Phylogenetic classification of bony fishes. BMC Evolutionary Biology. 2017, 17 (162). OCLC 7079229862. PMC 5501477
. PMID 28683774. S2CID 26509184 . doi:10.1186/s12862-017-0958-3 .
