沈肇元(1569年—1607年),号懈谷,浙江湖州府德清县人,明朝政治人物。
万历二十二年(1594年)甲午科浙江乡试举人,二十六年(1598年)戊戌科进士[1],礼部观政,授江西南丰县知县,三十四年补山东掖县知县[2],三十五年卒。
父沈光宙,岁贡,官知县。