沈肇元(1569年—1607年),號懈谷,浙江湖州府德清縣人,明朝政治人物。
萬曆二十二年(1594年)甲午科浙江鄉試舉人,二十六年(1598年)戊戌科進士[1],禮部觀政,授江西南豐縣知縣,三十四年補山東掖縣知縣[2],三十五年卒。
父沈光宙,歲貢,官知縣。