沈肇元(1569年—1607年),号懈谷,浙江湖州府德清县人,明朝政治人物。
萬曆二十二年(1594年)甲午科浙江鄉試舉人,二十六年(1598年)戊戌科進士[1],礼部觀政,授江西南丰县知县,三十四年補山东掖县知县[2],三十五年卒。
父沈光宙,岁貢,官知县。