开放阅读框
开放阅读框(英语:Open reading frame;缩写:ORF;其他译名:开放阅读框架、开放读架等)是指在给定的阅读框架中,不包含终止密码子的一串序列。这段序列是生物个体的基因组中,可能作为蛋白质编码序列的部分。基因中的ORF包含并位于开始编码与终止编码之间。由于一段DNA或RNA序列有多种不同读取方式,因此可能同时存在许多不同的开放阅读框架。有一些电脑程式可分析出最有可能编码蛋白质的序列。
例子
编辑一段5'-UCUAAAGGUCCA-3'序列。此序列共有3种读取法:
- UCU AAA GGU CCA
- CUA AAG GUC
- UAA AGG UCC
由于UAA为终止密码子,因此第三种读取法不具编译出蛋白质的潜力,故只有前两者为开放阅读框架。
找ORF的软件
编辑在线寻找ORF的软件:ORF Finder (页面存档备份,存于互联网档案馆)
功能
编辑ORF Finder 被用来预测已存在的编码区的小基因序列。也可用于大规模的开放式阅读框寻找。
参见
编辑外部链接
编辑- Translation and Open Reading Frames (页面存档备份,存于互联网档案馆) - A Site explaining Open Reading Frames
- NCBI ORF finder (页面存档备份,存于互联网档案馆) - A web based interactive tool for predicting and analysing ORFs from nucleotide sequences.
- ORF finder (页面存档备份,存于互联网档案馆) - A web based interactive tool for predicting and analysing ORFs from nucleotide sequences - hosted at bioinformatics.org
- Sequerome - A Sequence profiling tool that links each BLAST record to the NCBI ORF enabling complete ORF analysis of a BLAST report
- StarORF (页面存档备份,存于互联网档案馆) - 多平台, Java根据,为预言和分析ORFs和得到反向补全序列的GUI工具