何琪枝（？—？），字伯玉，南直隸蘇州府崑山縣人，明朝政治人物。
萬曆二十五年（1597年）丁酉科應天鄉試舉人，二十九年（1601年）辛丑科進士，由應天教授歷助教，升刑部主事。當提牢日，必親視疾苦，獄卒黃龍素虐囚而取其財，有以直言下獄者，龍酷取如故，聞琪枝將治之，篋金珠營求免。琪枝白尚書以聞，磔於市，都人稱快。將調吏部，病卒。琪枝性孝友，事伯父如父，弟夭，善成其婦之節。與葉向高、顧憲成、劉宗周諸壽賢為師友，以名節相砥礪，立朝風義卓然。妾戴氏，死於清初乙酉戰亂[1]。
