段叔軍(?—?),西晉五胡十六國時代軍事人物,遼西鮮卑族段部鮮卑首領段匹磾的弟弟。

318年,段末波殺堂叔段涉復辰,成為段部鮮卑的首領。段涉復辰的侄子段匹磾幽州攻打令支的段末波,段末波擊敗段匹磾,晉朝太尉劉琨的嫡長子劉群被俘。段末波對劉群非常有禮,想和劉琨共同攻擊段匹磾。段匹磾本來非常信任劉琨。但段匹磾的弟弟段叔軍說:「我們是胡夷,能讓晉朝人服從我們的原因是他們畏懼我們人數眾多。現在我們骨肉不和,正是晉人圖謀的機會,如果有人奉劉琨做首領起兵,我們段部鮮卑一族就完了。」段匹於是羈留了劉琨,不讓他返回。五月初八,段匹磾假稱奉詔拘捕劉琨,勒死劉琨。

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