Nexus
語法
編輯註解：使用「[]」。位於「[」和「]」之間的文字將被軟件忽略，作為註解用。
文件採用「塊」的方式來組織信息。每一個塊的語法結構為：
BEGIN 块的名称；
END;
基本塊結構
編輯DATA
編輯例如：
begin data;
dimensions ntax=5 nchar=600;
format interleave datatype=DNA missing=N gap=-;
end;
ntax表示分類單位的數量，nchar表示數據的長度，上面這個例子裡的含義是DNA有600個鹼基長度。數據類型，datatype是DNA。另外可以定義缺失信息和缺口用什麼字符表示。
PAUP或軟件自定義塊
編輯有些軟件可以識別特定的塊，供自己特殊使用。例如PAUP block可以用來控制PAUP*。MrBayes也可以有自己的塊。常用這些軟件自定義塊來進行批處理。
樹
編輯Nexus文件裡面可以包含種系發生樹信息。例如：
tree PAUP_1 = [&U]（((1:0,2:0.001674,3:0.001670):0.001658,4:0.003371):0.012438,(((5:0.003348,6:0.005043):0.001668,7:0.005031):0.003351,8:0):0.009545,9:0.564416);
End;
閱讀NEXUS格式的系統進化樹文件，可以使用TreeView軟件。也可以使用TreeGraph[1]軟件將其轉換成SVG格式。