Nexus

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Nexus文件是一種生物信息學中常用的文件格式。很多軟件使用或者識別這種格式，例如PAUP*和MacClade。

語法

註解：使用「[]」。位於「[」和「]」之間的文字將被軟件忽略，作為註解用。

文件採用「塊」的方式來組織信息。每一個塊的語法結構為：

BEGIN 块的名称；
END;

基本塊結構

DATA

例如：
begin data;
dimensions ntax=5 nchar=600;
format interleave datatype=DNA missing=N gap=-;
end;

ntax表示分類單位的數量，nchar表示數據的長度，上面這個例子裏的含義是DNA有600個鹼基長度。數據類型，datatype是DNA。另外可以定義缺失信息和缺口用什麼字符表示。

PAUP或軟件自定義塊

有些軟件可以識別特定的塊，供自己特殊使用。例如PAUP block可以用來控制PAUP*。MrBayes也可以有自己的塊。常用這些軟件自定義塊來進行批處理。

樹

Nexus文件裏面可以包含種系發生樹信息。例如：
tree PAUP_1 = [&U]（((1:0,2:0.001674,3:0.001670):0.001658,4:0.003371):0.012438,(((5:0.003348,6:0.005043):0.001668,7:0.005031):0.003351,8:0):0.009545,9:0.564416);
End;
閱讀NEXUS格式的系統進化樹文件，可以使用TreeView軟件。也可以使用TreeGraph軟件將其轉換成SVG格式。

外部連結

• 描述NEXUS文件格式的論文（英文）