南京教案是指明神宗萬曆四十四年（1616年），禮部侍郎署南京禮部尚書沈㴶三次參奏在華天主教傳教士與白蓮教有染，圖謀不軌。徐光啟上書辯護不果，其稱：「然臣累年以來，因與講究考求，知此諸臣最真最確，不止蹤跡心事一無可疑，實皆聖賢之徒也。」，七月王豐肅、謝務祿（後改名曾德昭）等外國傳教士在南京被逮捕，後被押解澳門。十二月龐迪我、熊三拔等人從北京被押解澳門。
