多重序列比對

多重序列比對（Multiple sequence alignment；MSA）是對三個以上的生物學序列（biological sequence），如蛋白質序列、DNA序列或RNA序列所作的序列比對。一般來說，是輸入一組假定擁有演化關係的序列。從MSA的結果可推導出序列的同源性，而種系發生關係也可引導出這些序列共同的演化始祖。如右圖般的視覺化敘述可描繪出各種突變事件，例如點突變的單格變化，或是如刪除突變與插入突變，可使各個序列之間產生鴻溝。MSA常用來研究序列的保守性，或是蛋白質結構域的三級結構與二級結構，甚至是個別的氨基酸或核苷酸。

電腦程式ClustalW，以多個生物個體的酸性核醣體蛋白P0（acidic ribosomal protein P0；L10E）的前90個位置所作的多重序列比對。

參見

• 親緣分支分類法
• 種系發生學
• 序列比對軟件
• 結構比對

外部連結

• ExPASy sequence alignment tools （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）
• Multiple Alignment Resource Page from the Virtual School of Natural Sciences
• Tools for Multiple Alignments from Pôle Bioinformatique Lyonnais
• Multiple sequence alignment lectures（頁面存檔備份，存於互聯網檔案館） from the Max Planck Institute for Molecular Genetics

相關文獻

• Duret, L.; S. Abdeddaim. Multiple alignment for structural functional or phylogenetic analyses of homologous sequences. D. Higgins and W. Taylor (編). Bioinformatics sequence structure and databanks. Oxford: Oxford University Press. 2000. 
• Notredame, C. Recent progresses in multiple sequence alignment: a survey. Pharmacogenomics. 2002, 31 (1): 131 –– 144. 
• Thompson, J. D.; F. Plewniak and O. Poch. A comprehensive comparison of multiple sequence alignment programs. Nucleic Acids Research. 1999, 27 (13): 12682––2690. 
• Wallace, I.M.; Blackshields G and Higgins DG. Multiple sequence alignments. Curr Opin Struct Biol. 2005, 15 (3): 261–6.