核毛菌科（學名：Pyrenotrichaceae）為刺盾炱目的一科真菌。
核毛菌科
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科學分類 
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| 界：
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真菌界 Fungi
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| 門：
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子囊菌門 Ascomycota
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| 綱：
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散囊菌綱 Eurotiomycetes
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| 目：
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刺盾炱目 Chaetothyriales
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| 科：
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核毛菌科 Pyrenotrichaceae
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| 模式屬
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核毛菌屬 Pyrenothrix
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核毛菌屬 Pyrenothrix
- Pyrenothrix mexicana Herrera-Camp., Huhndorf & Lücking
- Pyrenothrix nigra Riddle
