深海病毒科

深海病毒科
病毒分類
（未分級）：	病毒 Virus
域：	核糖病毒域 Riboviria
界：	正核糖病毒界 Orthornavirae
門：	小核糖病毒門 Pisuviricota
綱：	小南嵌套病毒綱 Pisoniviricetes
目：	套式病毒目 Nidovirales
科：	深海病毒科 Abyssoviridae
屬：	甲型深海病毒屬 Alphaabyssovirus
亞屬與種
	甲型深海病毒屬（Alphaabyssovirus）海兔深海病毒一型（Aplysia abyssovirus 1）; ;

深海病毒科（學名：Abyssoviridae）是網巢病毒目的一個科，為具包膜的正單鏈RNA病毒，本科為一單型分類單元，僅包含甲型深海病毒屬（Alphaabyssovirus）一個屬，該屬亦為單型，僅有海兔深海病毒一型（Aplysia abyssovirus 1，AAbV）一種^[1]，為感染加州海兔（英語：California sea hare）的病毒，由美國國家生物技術資訊中心（NCBI）公開的轉錄組霰彈槍序列組裝(transcriptome shotgun assembly) 與表現序列標籤（英語：expressed sequence tag）數據庫中經BLAST比對發現，於2018年發表^[2]。

命名

深海病毒科的學名得名自英文的"abyss"（意指「深淵」），除了指本科病毒感染的宿主海兔生存於海洋外，還指傳說中居於地下深處的蘇美神祇阿勃祖，亦指此病毒為透過深度定序（英語：Coverage (genetics)）技術自序列數據庫中發現^[2]。

病毒學

加州海兔

海兔深海病毒一型的基因組長35,913nt，為已知RNA病毒中基因組大小次大者，僅次於同屬網巢病毒目之渦蟲分泌細胞網巢病毒（PSCNV）的41,103nt^[2]^[3]。AAbV的基因組包含兩個開放閱讀框（ORF），一為典型網巢病毒的ORF1a與ORF1b融合而成，一為其3'端編碼結構蛋白的開放閱讀框ORF2，另外還有長74nt的5'UTR與長964nt的3'UTR^[2]。

相較於其他網巢病毒的ORF1a與ORF1b間有一促進-1核糖體移碼的序列，AAbV的ORF1中與ORF1a和ORF1b同源的區域間有一同框的終止密碼子UGA與一促進轉譯連讀的序列，使部分核糖體轉譯至此時發生連讀而繼續轉譯ORF1b的序列，以此調控ORF1b編碼蛋白的表現^[2]。

參考文獻

^ Virus Taxonomy: 2018 Release. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). October 2018 [26 January 2019]. （原始內容存檔於4 March 2018）.
^ ^2.0 ^2.1 ^2.2 ^2.3 ^2.4 Bukhari, Khulud; Mulley, Geraldine; Gulyaeva, Anastasia A.; Zhao, Lanying; Shu, Guocheng; Jiang, Jianping; Neuman, Benjamin W. Description and initial characterization of metatranscriptomic nidovirus-like genomes from the proposed new family Abyssoviridae, and from a sister group to the Coronavirinae, the proposed genus Alphaletovirus.. Virology. 2018, 524: 160–171. ISSN 0042-6822. OCLC 7856217008. PMC 7112036  . PMID 30199753. doi:10.1016/j.virol.2018.08.010  （英語）.
^ Saberi, Amir; Gulyaeva, Anastasia A.; Brubacher, John L.; Newmark, Phillip A.; Gorbalenya, Alexander E. A planarian nidovirus expands the limits of RNA genome size. PLOS Pathogens. 2018-11-01, 14 (11): e1007314. PMC 6211748  . PMID 30383829. doi:10.1371/journal.ppat.1007314.

[ICTV-1] Virus Taxonomy: 2018 Release. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). October 2018 [26 January 2019]. （原始內容存檔於4 March 2018）.

[Bukhari-2] 2.0 ^2.1 ^2.2 ^2.3 ^2.4 Bukhari, Khulud; Mulley, Geraldine; Gulyaeva, Anastasia A.; Zhao, Lanying; Shu, Guocheng; Jiang, Jianping; Neuman, Benjamin W. Description and initial characterization of metatranscriptomic nidovirus-like genomes from the proposed new family Abyssoviridae, and from a sister group to the Coronavirinae, the proposed genus Alphaletovirus.. Virology. 2018, 524: 160–171. ISSN 0042-6822. OCLC 7856217008. PMC 7112036  . PMID 30199753. doi:10.1016/j.virol.2018.08.010  （英語）.

[saberi_2018-3] Saberi, Amir; Gulyaeva, Anastasia A.; Brubacher, John L.; Newmark, Phillip A.; Gorbalenya, Alexander E. A planarian nidovirus expands the limits of RNA genome size. PLOS Pathogens. 2018-11-01, 14 (11): e1007314. PMC 6211748  . PMID 30383829. doi:10.1371/journal.ppat.1007314.

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