生物聚合體保存

大多數化石代表骨骼或貝殼等礦化物質，但有時甲殼和膠原蛋白等「生物聚合物」也會留下化石—最著名的是「伯吉斯頁岩型保存」(Burgess Shale type preservation)和孢型(palynomorph)保存，軟組織的保存並不像有時認為的那樣罕見。

可保存什麼

儘管節肢動物的甲殼素外骨骼會被分解，但它們通常在完全礦化後還能保持其形狀，特別是在已部分礦化的情況下。

DNA和蛋白質都不穩定，在被降解前很少能存留超過數十萬年。多糖的保存潛力也很低，除非它們高度交聯，這種相互連接在結構組織中最常見，並使它們能夠抵抗化學腐蝕。此類組織包括木材(木質素)、孢子和花粉(孢粉素)、動物和植物的表皮(膠膜)、藻類的細胞壁(膠鞘)，可能還有一些地衣的多糖層。這種相互聯繫使得這些化學物質不太容易發生化學衰變，這也意味著它們是一種較差的能量源，因此不太可能被食腐生物消化。在受熱受壓後，這些交聯的有機分子通常會「煮熟」變成油母質或短(碳原子數小於17)脂肪族/芳香族碳分子。其他一些影響保存的可能因素，如使多毛類的頜骨比化學成分相同但未硬化的身體角質層更易保存下來。

人們認為「伯吉斯頁岩型保存」只能保存堅硬的角質層類型軟組織，但越來越多的生物被發現都缺乏這種角質層，例如可能的脊索動物皮卡蟲和無殼的烏海蛭(Odontogriphus)。

人們普遍誤認為軟組織保存必需要在無氧環境中，事實上，許多腐爛是由硫酸鹽還原菌介導的，它們只能在厭氧條件下存活。然而，缺氧確實降低了食腐生物干擾死亡生物體的可能性，而其他生物體的活動無疑是軟組織破壞的主要原因之一。

如果植物表皮層含有膠膜(cutan)，而非角質，則更容易被保存下來。

植物和藻類產生最易保存的化合物，泰格拉爾(Tegellaar)根據其保存潛力列出了這些化合物(見參考文獻)。

粘土礦物的作用

粘土礦物可以增強有機質的保存性，不同的粘土礦物會留下不同的特徵。與粘土相伴的有機質往往富含脂質，缺乏蛋白質和木質素；高嶺石似乎用多糖來豐富有機物，而富含芳香化合物的有機物則與粘土礦物如蒙脫石結合保存下來。