- 南京吏部：考核南京六部与南直隶地区的官吏，并有京察。
- 南京户部：征收南直隶，与浙江、江西、湖广三行省的布税食粮，并管理南直隶地区的户籍。
- 南京礼部：主要负责南直隶祭祀之事，尤其明太祖陵墓孝陵。
- 南京兵部：负责守备南直隶地区，由南京镇守太监（正式名称为南京守备太监）监军。
- 南京刑部：管理南直隶地区勋旧、官吏、民众的司法案件。
- 南京工部：管理南直隶地区工程事宜，也铸造南直盐引。
- ^ 《明史》(卷111)：“自洪武十三年始．成祖迁都，南京止设侍郎．仁宗乃有尚书、都御史而未备．备官自孝宗始．其权位重者曰参赞机务，宪宗后乃专属之兵部．然累世承平，履其任者，惟养清望而已，无关政本……”
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