- 南京吏部：考核南京六部與南直隸地區的官吏，並有京察。
- 南京戶部：徵收南直隸，與浙江、江西、湖廣三行省的布稅食糧，並管理南直隸地區的戶籍。
- 南京禮部：主要負責南直隸祭祀之事，尤其明太祖陵墓孝陵。
- 南京兵部：負責守備南直隸地區，由南京鎮守太監（正式名稱為南京守備太監）監軍。
- 南京刑部：管理南直隸地區勳舊、官吏、民眾的司法案件。
- 南京工部：管理南直隸地區工程事宜，也鑄造南直鹽引。
- ^ 《明史》(卷111)：「自洪武十三年始．成祖遷都，南京止設侍郎．仁宗乃有尚書、都御史而未備．備官自孝宗始．其權位重者曰參贊機務，憲宗後乃專屬之兵部．然累世承平，履其任者，惟養清望而已，無關政本……」
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