国立金门技术学院于2010年改制为国立金门大学，但“金门”翻译方式未随着过去沿用“Kinmen”而是改用“Quemoy”。金门行政机关使用威妥玛拼音“Kinmen”大约源自1970年代，若按照当时台湾岛上使用的通用拼音或是国际上流行的汉语拼音，金门应译为“Jinmen”，但“Quemoy”的译法在国际上更为知名。“Quemoy”为闽南语的译文，在欧洲地理大发现时期所绘制的地图即以“Quemoy”标志金门，且在1958年八二三炮战时欧美国家常以“Quemoy Crisis”称呼战争。“Quemoy”在国际上较为知名，故国立金门大学英文名称定为“National Quemoy University”[2]。
- 1992年：金门地方提出设立大学之需求。
- 1995年：时任教育部技职司吴清基司长偕同国立高雄工商专科学校黄广志校长等人，莅金门考察；与金门县政府等相关单位座谈，达成共识，教育部指派国立高雄工商专科学校于金门设置二年制专科部金门分部，将来逐步发展成为独立大专校院。
- 1997年7月1日：国立高雄工商专科学校改制为国立高雄科学技术学院，惟依法得设专科部，因此正式成立“国立高雄科学技术学院附设专科部金门分部”，同年10月22日修正校名为“国立高雄科学技术学院金门分部”。并设有二专日间部食品工程、营建管理、工商管理、观光事业等四科，商借“国立金门高级农工职业学校”实习农场校舍上课。
- 2000年：更名为“国立高雄应用科技大学金门分部”。增设二专日间部资讯管理科。增设二技进修部企业管理系、观光管理系。
- 2001年：增设二专日间部财务金融科。
- 2002年，增设二技进修部资讯管理系、四技日间部应用外语系、运动管理系。
- 2003年：奉准独立为“国立金门技术学院”，并将二专日间部工商管理科与财务金融科合并改制为四技日间部企业管理系。四技日间部增设电子工程系。
- 2004年：二专日间部食品工程、营建管理、观光事业、资讯管理等四科改制为四技日间部食品科学、营建工程、观光管理、资讯管理等四系。四技进修部增设企业管理系、运动管理系。
- 2005年：四技日间部增设建筑与文化资产保存系。
- 2006年：四技日间部增设国际事务系。增设闽南文化研究所。
- 2007年：四技日间部增设应用科技学位学程。增设中国大陆研究所、电资研究所。资讯管理系改名资讯工程系；运动管理系改名运动与休闲系；建筑与文化资产保存系改名建筑系。
- 2008年：四技进修部增设电子与资讯系。增设防灾与永续研究所、岛屿休闲资源发展研究所。增设马祖分班（含四技日间部：食品科学系、建筑系）。
- 2009年：四技进修部增设观光管理系。
- 2010年4月13日：获教育部审查通过，将改名为大学[3]。8月1日：正式改名为“国立金门大学”，校内各系改名为学系，并依照各系所性质组成人文社会、理工、休闲管理等三学院。
- 2011年：营建工程学系改名土木与工程管理学系。同年12月4日，开始筹设医护学院[4]。
- 2012年：增设华语文学系、海洋与边境管理学系、工业与工程管理学系。同年7月21日，获教育部通过，准许设立医护学院[5]。调整系所归属学院，原黄进益休闲管理学院改名管理学院、黄祖耀人文社会学院分拆为社会科学院及人文艺术学院。原管理学院之海洋与边境管理学系、海洋事务研究所改隶社会科学院；原人文社会学院之应用英语学系、华语文学系、闽南文化研究所独立为人文艺术学院。原杨忠礼理工学院之工业工程与管理学系改隶管理学院。
- 2013年：增设健康护理学院，下辖新增之护理学系、长期照护学系与社会工作学系。人文艺术学院新增“语言与跨文化硕士班”、城市规划与景观学系。管理学院新增“事业经营硕士在职专班”“管理学院创新事业与岛屿经营硕士班”，理工学院新增“工程科技硕士在职专班”。
- 2014年10月：聘杨忠礼为名誉校长。
- 2015年：人文艺术学院与社会科学院合并为人文社会科学院。增设理工学院智慧计算与应用硕士班。海洋事务研究所并入海洋与边境管理学系。
- 2017年：人文社会学院语言与跨文化硕士班停招，改设应用英语学系硕士班。
- 2018年：理工学院智慧计算与应用硕士班改名理工学院资讯科技与应用硕士班。闽南文化研究所停招，改设闽南文化硕士学位学程。
- 2019年：获准设立长期照护学系硕士班、管理学院产学博士班。
- 2023年：获准设立人文社会学院博士班。
- 2023年：电子工程学系改名电机工程学系、理工学院资讯科技与应用硕士班改设资讯工程学系硕士班、理工学院资讯科技与应用硕士在职专班改设电机工程学系硕士在职专班。[6]
- 2024年：获准设立语文与人文创意应用硕士学位学程。
- 国立高雄科学技术学院金门分部主任
| 任别 |
姓名 |
任期
|
| 1 |
李金振 |
1997年8月1日－2000年7月31日
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- 国立高雄应用科技大学金门分部主任
| 任别 |
姓名 |
任期
|
| 1 |
李金振 |
2000年8月1日－2003年7月31日
|
- 国立金门技术学院校长
| 任别 |
姓名 |
任期
|
| 1 |
李金振 |
2003年8月1日－2010年7月31日
|
- 国立金门大学校长
| 任别 |
姓名 |
任期
|
| 1 |
李金振 |
2010年8月1日－2014年7月31日
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| 2 |
黄奇 |
2014年8月1日－2018年7月31日
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| 3 |
陈建民 |
2018年8月1日(现任)
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| 校长室
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行政副校长室
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学术副校长室
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秘书室
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研究发展处
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| 学务处
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教务处
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总务处
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国际事务处
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| 人事室
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主计室
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体育室
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图书馆
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| 进修推广部
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就业辅导暨校友服务中心
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计算机及资讯网络中心
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环境保护暨安全卫生中心
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| 人文社会学院
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闽南文化硕士学位学程
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建筑学系（日间部、硕士班）
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| 国际暨大陆事务学系（日间部、进修部、硕士班）
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应用英语学系
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| 海洋与边境管理学系（日间部、硕士班）
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华语文学系
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| 城市规划与景观学系
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岛屿产业跨领域永续创新博士学位学程
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| 语文与人文创意应用硕士学位学程
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| 管理学院
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企业管理学系暨硕士班（日间部、进修部、硕士班、硕士班迳博组）
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观光管理学系暨硕士班（日间部、进修部、硕士班、硕士班迳博组）
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| 运动与休闲学系暨硕士班（日间部、进修部、硕士班、硕士班迳博组）
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管理学院事业经营硕士在职专班
- 企业管理组
- 观光管理组
- 运动与休闲组
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| 工业工程与管理学系
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跨境产业策略与发展博士学位学程
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| 理工学院
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土木与工程管理学系（日间部、硕士班）
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电机工程学系（日间部、硕士班）
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| 资讯工程学系（日间部、硕士班）
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食品科学系（日间部、硕士班）
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| 电机工程学系硕士在职专班
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| 健康护理学院
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护理学系
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长期照护学系（日间部、硕士班）
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| 社会工作学系（日间部、进修部）
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- 日间部学生会
- 行政部会（活动部、社团事务部、新闻部、公共关系部、学生权益部、总务部、秘书处）
- 学生议会
- 评议委员会（虚级化）
- 选举事务委员会
- 财务处
研究生学会 (未通过评鉴废除，业务已由日间部学生会及进修部学生会接管)- 进修部学生会
- 金大传统迎新舞蹈“毛毛虫舞”：金大毛毛虫舞活动为金门大学每年重要活动，主要参加比赛的人为当届金门大学新生。活动主办单位为国立金门大学学生会[7][8][9]
- 毛毛虫是高雄应用科技大学分部时期由总干事黄宝德学长（同现今学生会会长）回台干部训练时带回金门的活动，第一届毛毛虫举办于2003年，而下一届四技的第一位总干事杨智荣学长，将毛毛虫主题化，当时跳的是小新舞。第一次引进时，杨智荣先生提到只是为了增加凝聚力的一种团康活动，虽以舞蹈为重。这个时期的毛毛虫其实还不是一种运动。后来因为主题化，开始讲求创意，所以可看性、刺激度还有紧凑度也提升，确实与表演性质啦啦队雷同了。从这一年开始，金大新生毛毛虫变成每年度的重头戏，还结合绕街，融入金门当地。[10]
- 自109学年起毛毛虫迎新活动无限期停办。
金门县民享有三节配酒的福利，理论上学生若将户籍迁入金门，经一定年限得享有县民福利。然而，当县长陈福海上台以后，调整福利政策，外地人迁入金门需满四年才得以配酒，使大部分学生不再享有配酒的权利，县长表明金大与金酒是两个主体，学校的福利不应该由金酒承担，但是，后来县府又同意将设籍在金门大学的大学生作为例外。[11]
中华民国
