Rp3病毒
蝙蝠冠状病毒Rp3（Bat SARS-CoV/Rp3/2004）是严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒（SARSr-CoV）的一个病毒株，为SARS-CoV相关病毒，在中国广西的皮氏菊头蝠样本中发现，于2005年发表。
Rp3病毒
| |
|---|---|
病毒分类 
| |
| （未分级）： | 病毒 Virus |
| 域： | 核糖病毒域 Riboviria |
| 界： | 正核糖病毒界 Orthornavirae |
| 门： | 小核糖病毒门 Pisuviricota |
| 纲： | 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes |
| 目： | 套式病毒目 Nidovirales |
| 科： | 冠状病毒科 Coronaviridae |
| 属： | 乙型冠状病毒属 Betacoronavirus |
| 亚属： | SARS乙型冠状病毒亚属 Sarbecovirus |
| 种： | Rp3病毒 SARSr-CoV
|
| 毒株： | Rp3病毒 Rp3
|
发现 编辑
2004年3月至11月，研究人员在中国广东、天津、广西与湖北四省市采集蝙蝠样本，在广西南宁皮氏菊头蝠的粪便样本中发现SARS相关病毒，即Rp3病毒，于2005年和Rf1病毒与Rm1病毒一起发表[1]。
基因组 编辑
Rp3病毒的基因组长29736nt[2]，序列与SARS-CoV的相似度为92.6%[3]，其ORF8和人类以外的大多数SARSr-CoV一样有一段长29nt的插入序列，为一完整的开放阅读框，人类的ORF8则因缺少此序列而被分成8a与8b两个较小的开放阅读框。Rp3的ORF8（121个氨基酸）比人类SARS病毒ORF8辅助蛋白（121个氨基酸）少一个氨基酸，且两者氨基酸序列相似度仅35%[1]。另外Rp3与许多蝙蝠SARSr-CoV一样在刺突蛋白的受体结合结构域（receptor binding domain, RBD）有两段分别长5和12个氨基酸的序列缺失（但不见于WIV1病毒与SHC014病毒）[4]。
演化树 编辑
截至2021年1月[update]，SARS-CoV与相关病毒株的系统发生树：
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SARS-CoV-2 79 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
参考文献 编辑
- ^ 1.0 1.1 1.2 1.3 Li, Wendong; Shi, Zhengli; Yu, Meng; Ren, Wuze; Smith, Craig; Epstein, Jonathan H.; Wang, Hanzhong; Crameri, Gary; Hu, Zhihong; Zhang, Huajun; Zhang, Jianhong. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005-10-28, 310 (5748). ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391 （英语）.
- ^ Bat SARS coronavirus Rp3, complete genome. NCBI. [2021-01-28]. （原始内容存档于2021-10-15）.
- ^ 3.0 3.1 Yang, Xing-Lou; Hu, Ben; Wang, Bo; Wang, Mei-Niang; Zhang, Qian; Zhang, Wei; Wu, Li-Jun; Ge, Xing-Yi; Zhang, Yun-Zhi; Daszak, Peter; Wang, Lin-Fa. Perlman, S. , 编. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. Journal of Virology. 2016-03-15, 90 (6). ISSN 0022-538X. PMC 4810638
. PMID 26719272. doi:10.1128/JVI.02582-15 （英语）.
- ^ 4.0 4.1 4.2 Lau, Susanna K. P.; Feng, Yun; Chen, Honglin; Luk, Hayes K. H.; Yang, Wei-Hong; Li, Kenneth S. M.; Zhang, Yu-Zhen; Huang, Yi; Song, Zhi-Zhong; Chow, Wang-Ngai; Fan, Rachel Y. Y. Perlman, S. , 编. Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus ORF8 Protein Is Acquired from SARS-Related Coronavirus from Greater Horseshoe Bats through Recombination. Journal of Virology. 2015-10-15, 89 (20). ISSN 0022-538X. PMC 4580176 . PMID 26269185. doi:10.1128/JVI.01048-15 （英语）.
- ^ Kim, Yongkwan; Son, Kidong; Kim, Young-Sik; Lee, Sook-Young; Jheong, Weonhwa; Oem, Jae-Ku. Complete genome analysis of a SARS-like bat coronavirus identified in the Republic of Korea. Virus Genes. 2019-08, 55 (4). ISSN 0920-8569. PMC 7089380 . PMID 31076983. doi:10.1007/s11262-019-01668-w （英语）.
- ^ 6.0 6.1 Ge, Xing-Yi; Hu, Ben; Shi, Zheng-Li. Bat Coronaviruses. Wang, Lin-Fa (编). Bats and Viruses. Hoboken, NJ: John Wiley & Sons, Inc. 2015-06-26: 127–155. ISBN 978-1-118-81882-4. doi:10.1002/9781118818824.ch5 （英语）.
- ^ He, Biao; Zhang, Yuzhen; Xu, Lin; Yang, Weihong; Yang, Fanli; Feng, Yun; Xia, Lele; Zhou, Jihua; Zhen, Weibin; Feng, Ye; Guo, Huancheng. Perlman, S. , 编. Identification of Diverse Alphacoronaviruses and Genomic Characterization of a Novel Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus from Bats in China. Journal of Virology. 2014-06-15, 88 (12). ISSN 0022-538X. PMC 4054348 . PMID 24719429. doi:10.1128/JVI.00631-14 （英语）.
- ^ 8.0 8.1 Ge, Xing-Yi; Li, Jia-Lu; Yang, Xing-Lou; Chmura, Aleksei A.; Zhu, Guangjian; Epstein, Jonathan H.; Mazet, Jonna K.; Hu, Ben; Zhang, Wei; Peng, Cheng; Zhang, Yu-Ji. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013-11, 503 (7477). Bibcode:2013Natur.503..535G. ISSN 0028-0836. PMC 5389864 . PMID 24172901. doi:10.1038/nature12711 （英语）.
