镇巢军，中国宋朝时设置的的行政区——军。
宋理宗景定三年（1263年），在巢县设立镇巢军，治所在巢县（今安徽省巢湖市）。宋恭帝德祐二年（1276年），江北淮西地全为元朝所有，镇巢军孤立南宋北疆。统制洪福战死，镇巢军失守。元朝废除镇巢军。
