- 1895年（光緒21年、明治28年）11月，大日本帝國陸軍省沓掛龜太郎於嘉義設診斷所。
- 1896年（明治29年）7月，於嘉義市三角窗街（今光彩街與文昌街交叉點東南一帶）新建院舍，設有病房。
- 1897年（明治30年）5月，診斷所改稱「嘉義縣嘉義病院」。
- 1898年（明治31年）6月，改由台灣總督府直轄，更名「台灣總督府嘉義病院」。
- 1906年（明治39年），遭逢1906年梅山地震，院舍倒塌。
- 1907年（明治40年），遷往嘉義孔廟舊址，文化路舊院區院舍竣工。
- 1941年（昭和16年）12月，遭逢1941年中埔地震，大部分院舍倒塌。
- 1942年（昭和17年），院舍重建（今中央廣場）。
- 1945年（民國34年）8月，中華民國接收臺灣，更名「臺灣省立嘉義醫院」，簡稱省嘉醫院。
- 1999年（民國88年）7月，臺灣省虛級化，改隸行政院衛生署，更名「行政院衛生署嘉義醫院」，簡稱署嘉醫院。
- 2000年（民國89年）9月，北港路院區新醫療大樓完工。
- 2002年（民國91年）3月，正式遷往北港路院區。
- 2013年（民國102年）7月23日，配合行政院組織改造，行政院衛生署改為衛生福利部，併同更名為「衛生福利部嘉義醫院」。
| 任次
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姓名
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就職時間
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卸任時間
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| 1
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魏炳炎
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1945年11月
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1949年10月
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| 2
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詹添木
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1949年11月
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1962年4月
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| 3
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陳金樹
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1962年5月
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1971年7月
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| 4
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黃東錄
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1971年7月
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1976年1月
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| 5
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陳英松
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1976年1月
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1982年8月
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| 6
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陳活源
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1983年1月
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1989年12月
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| 7
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黃玉階
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1990年1月
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1995年10月
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| 8
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胡雅雄
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1995年10月
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2001年10月
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| 代理
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徐永年
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2001年10月
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2002年2月
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| 9
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林信男
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2002年3月
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2003年8月
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| 10
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林水龍
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2003年10月
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2006年1月
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| 代理
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黃文良
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2006年1月
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2006年6月
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| 代理
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陳進堂
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2006年6月
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2007年6月
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| 代理
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徐永年
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2007年6月
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2008年2月
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| 11
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黃龍德
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2008年2月
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2011年4月
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| 代理
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何鎮明
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2011年4月
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2011年8月
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| 12
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許家禎
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2011年8月
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2014年8月
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| 代理
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白錫彥
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2014年8月
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2015年3月
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| 13
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陳啟仁
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2015年3月
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2017年3月
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| 代理
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白錫彥
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2017年3月
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2017年7月
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| 14
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黃元德
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2017年7月
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2023年7月
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| 15
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莊仁賓
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2023年7月
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現任
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中華民國（臺灣）嘉義市西區北港路312號