聖阿格尼絲座堂（日語：聖アグネス教会）位於日本京都，是日本聖公會京都教區的主教座堂，該教區包括福井縣、石川縣、京都府和富山縣所有聖公會教堂。
聖阿格尼絲座堂原名聖三一堂，建於1898年，位於平安女學院校園內，1923年以該校守護聖者，戴克里先在位時期的殉道聖人聖阿格尼絲，更名為聖阿格尼絲堂。1985年列為京都市指定有形文化財。
