惲壽平生於明崇禎六年(1633年),父惲日初為復社要人。惲壽平八歲能詠蓮,少年遭遇戰亂,隨父參加抗清運動,兵敗後與父失散,被福建總督陳錦之妻收留。陳錦遇刺身亡,壽平扶靈北歸時,在靈隱寺與父相遇,留寺為僧,後回鄉與家人團聚。
子惲念祖,娶西營湯氏,湯謨孫女、湯自明次女。
生前視錢如無物,晚年貧病交迫,卒於清康熙二十九年(1690年),由好友王翬出資安葬。
初工山水,筆墨秀峭,後與王翬交往,多作花卉,重視寫生,往往用水墨淡彩,清潤明麗,自成一格,有「惲派」之稱。
人稱其筆有仙氣,與王時敏、王鑑、王翬、王原祁、吳歷齊名,為「清初六大家」之一。