周善初為中國清朝武官官員,浙江奉化人。周善初於1884年(光緒10年)奉旨接替蘇吉良,於澎湖群島擔任澎湖水師協副將。而隸屬台灣鎮之下的此官職職等為正二品,是台灣清治時期的這階段,扼守台灣海峽的重要武將,並統帥兩標水營,數千名水師兵勇。
中法戰爭期間,光緒十一年二月中澎湖之役落敗,致使澎湖失陷,法軍佔領澎湖。周善初被革職查辦[1],發放邊疆黑龍江,光緒十一年(1885年)六月病故。