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蝙蝠229E樣冠狀病毒
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人類冠狀病毒NL63
（HCoV-NL63）
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NL63相關蝙蝠冠狀病毒
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英語
：
NL63-related bat coronavirus strain BtKYNL63-9b
）
長翼蝠冠狀病毒HKU8
（Bat-CoV HKU8）
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褐扁顱蝠冠狀病毒HKU33
（Tr-BatCoV HKU33）
蝙蝠冠狀病毒HKU10
（Bat-CoV HKU10）
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馬鐵菊頭蝠甲型冠狀病毒HuB-2013
（
英語
：
Rhinolophus ferrumequinum alphacoronavirus HuB-2013
）
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中華菊頭蝠冠狀病毒HKU32
（Rs-BatCoV HKU32）
·
蝙蝠冠狀病毒CDPHE15
（BatCoV CDPHE15）
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高頭蝠冠狀病毒512
（Sc-BatCoV-512）
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豬流行性腹瀉病毒
（PEDV）
其他
鼩鼱冠狀病毒T14
（Sa-CoV T14）
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文成鼩鼱病毒
（WESV）
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鹿城褐家鼠冠狀病毒
（LRNV）
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（β-CoV）
Embecovirus
（
英語
：
Embecovirus
）
（支系A）
乙型冠狀病毒1型
（β1CoV）
牛冠狀病毒
（BCoV）
·
人類冠狀病毒OC43
（HCoV-OC43）
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馬冠狀病毒
（ECoV）
·
豬凝血性腦脊髓炎病毒
（PHEV）
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犬呼吸道冠狀病毒
（CRCoV）
兔冠狀病毒HKU14
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黃鼠冠狀病毒HKU24
（ChRCoV HKU24）
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龍泉黑線姬鼠冠狀病毒（LAMV）
鼠冠狀病毒
（M-CoV）
鼠肝炎病毒（MHV）
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大鼠冠狀病毒（RCoV）（大鼠涎淚腺炎病毒SDAV
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帕克RCoV）
人類冠狀病毒HKU1
（HCoV-HKU1）
·
龍泉羅賽鼠冠狀病毒（LRLV）
Merbecovirus
（
英語
：
Merbecovirus
）
（支系C）
刺蝟冠狀病毒
（EriCoV）
·
東北刺蝟冠狀病毒HKU31
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·
扁顱蝠冠狀病毒HKU4
（Bat-CoV HKU4）
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伏翼蝠冠狀病毒HKU5
（Bat-CoV HKU5）
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中東呼吸綜合症冠狀病毒
（MERS-CoV）
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祖魯棕蝠冠狀病毒
（NeoCoV）
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灰伏翼冠狀病毒HKU25
（Hp-BatCoV HKU25）
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（
英語
：
Nobecovirus
）
（支系D）
果蝠冠狀病毒GCCDC1
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·
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（
英語
：
Hibecovirus
）
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SARS-CoV-2
·
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·
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鯨豚冠狀病毒
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：
Brangacovirus
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Igacovirus
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·
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·
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英語
：
Munia coronavirus HKU13
）
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·
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·
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（
英語
：
White-eye coronavirus HKU16
）
（WeCoV HKU16）
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（
英語
：
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