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雪貂冠状病毒
（FRECV
·
FRSCV）
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水鼬冠状病毒
（MCoV）
菊头蝠冠状病毒HKU2
（Bat-CoV HKU2）
·
猪急性腹泻综合征冠状病毒
（SADS-CoV）
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人类冠状病毒229E
（HCoV-229E）
·
羊驼冠状病毒
（ACoV）
·
单峰骆驼229E样冠状病毒
·
蝙蝠229E样冠状病毒
NL63病毒
人类冠状病毒NL63
（HCoV-NL63）
·
NL63相关蝙蝠冠状病毒
（
英语
：
NL63-related bat coronavirus strain BtKYNL63-9b
）
长翼蝠冠状病毒HKU8
（Bat-CoV HKU8）
·
长翼蝠冠状病毒1型
（Bat-CoV 1A/1B）
·
褐扁颅蝠冠状病毒HKU33
（Tr-BatCoV HKU33）
蝙蝠冠状病毒HKU10
（Bat-CoV HKU10）
·
马铁菊头蝠甲型冠状病毒HuB-2013
（
英语
：
Rhinolophus ferrumequinum alphacoronavirus HuB-2013
）
·
中华菊头蝠冠状病毒HKU32
（Rs-BatCoV HKU32）
·
蝙蝠冠状病毒CDPHE15
（BatCoV CDPHE15）
·
高头蝠冠状病毒512
（Sc-BatCoV-512）
·
猪流行性腹泻病毒
（PEDV）
其他
鼩鼱冠状病毒T14
（Sa-CoV T14）
·
文成鼩鼱病毒
（WESV）
·
鹿城褐家鼠冠状病毒
（LRNV）
乙型冠状病毒属
（β-CoV）
Embecovirus
（
英语
：
Embecovirus
）
（支系A）
乙型冠状病毒1型
（β1CoV）
牛冠状病毒
（BCoV）
·
人类冠状病毒OC43
（HCoV-OC43）
·
马冠状病毒
（ECoV）
·
猪凝血性脑脊髓炎病毒
（PHEV）
·
犬呼吸道冠状病毒
（CRCoV）
兔冠状病毒HKU14
（RbCoV HKU14）
·
黄鼠冠状病毒HKU24
（ChRCoV HKU24）
·
龙泉黑线姬鼠冠状病毒（LAMV）
鼠冠状病毒
（M-CoV）
鼠肝炎病毒（MHV）
·
大鼠冠状病毒（RCoV）（大鼠涎泪腺炎病毒SDAV
·
帕克RCoV）
人类冠状病毒HKU1
（HCoV-HKU1）
·
龙泉罗赛鼠冠状病毒（LRLV）
Merbecovirus
（
英语
：
Merbecovirus
）
（支系C）
刺猬冠状病毒
（EriCoV）
·
东北刺猬冠状病毒HKU31
（Ea-HedCoV HKU31）
·
扁颅蝠冠状病毒HKU4
（Bat-CoV HKU4）
·
伏翼蝠冠状病毒HKU5
（Bat-CoV HKU5）
·
中东呼吸综合症冠状病毒
（MERS-CoV）
·
祖鲁棕蝠冠状病毒
（NeoCoV）
·
灰伏翼冠状病毒HKU25
（Hp-BatCoV HKU25）
Nobecovirus
（
英语
：
Nobecovirus
）
（支系D）
果蝠冠状病毒GCCDC1
（Ro-BatCoV GCCDC1）
·
果蝠冠状病毒HKU9
（Ro-BatCoV HKU9）
Hibecovirus
（
英语
：
Hibecovirus
）
普氏蹄蝠冠状病毒ZJ013
（BtHp-BetaCoV/ZJ2013）
Sarbecovirus
（支系B）
SARS-CoV-1
·
SARS-CoV-2
·
变种
·
蝙蝠SARSr-CoV（详见
Template:SARSr-CoV
）
丙型冠状病毒属
（γ-CoV）
Cegacovirus
鲸豚冠状病毒
（白鲸冠状病毒SW1
·
瓶鼻海豚冠状病毒HKU22）
Brangacovirus
（
英语
：
Brangacovirus
）
雁冠状病毒CB17
Igacovirus
（
英语
：
Igacovirus
）
鸭冠状病毒2714
禽冠状病毒
（传染性支气管炎病毒）
·
禽冠状病毒9203
（火鸡冠状病毒）
丁型冠状病毒属
（δ-CoV）
鹎冠状病毒HKU11
（BuCoV HKU11）
·
鸫冠状病毒HKU12（ThCoV HKU12）
·
文鸟冠状病毒HKU13
（
英语
：
Munia coronavirus HKU13
）
（MuCoV HKU13）
·
猪丁型冠状病毒
（PdCV）
·
绣眼冠状病毒HKU16
（
英语
：
White-eye coronavirus HKU16
）
（WeCoV HKU16）
·
麻雀冠状病毒HKU17
（SpCoV HKU17）
·
鹊鸲冠状病毒HKU18（MRCoV HKU18）
·
夜鹭冠状病毒HKU19
·
鸭冠状病毒HKU20（WiCoV HKU20）
·
红冠水鸡冠状病毒HKU21
（
英语
：
Common moorhen coronavirus HKU21
）
（CMCoV HKU21）
·
隼冠状病毒HKU27
（FalCoV UAE-HKU27）
·
翎颌鸨冠状病毒HKU28（HouCoV UAE-HKU28）
·
鸽冠状病毒HKU29（PiCoV UAE-HKU29）
·
鹌鹑冠状病毒HKU30
（QuaCoV UAE-HKU30）
勒托病毒亚科
姬蛙甲型勒托病毒一型
（MLeV0）
太平洋鲑鱼网巢病毒（PsNV）
