01. 內務部 部長：錢瑛 → 曾山 02. 外交部 部長：陳毅（兼） 03. 國防部 部長：彭德懷（兼） → 林彪（兼） 04. 公安部 部長：羅瑞卿（兼） → 謝富治 05. 國家基本建設委員會 主任：陳雲（兼） 06. 國家計劃委員會 主任：李富春（兼） 07. 國家經濟委員會 主任：薄一波（兼） 08. 國家科學技術委員會 主任：聶榮臻（兼） 09. 財政部 部長：李先念 10. 糧食部 部長：沙千里 11. 商業部 部長：程子華 → 姚依林 12. 對外貿易部 部長：葉季壯 13. 水產部 部長：許德珩 14. 冶金工業部 部長：王鶴壽 15. 化學工業部 部長：彭濤 16. 第一機械工業部 部長：趙爾陸 → 段君毅 17. 第二機械工業部 部長：宋任窮 → 劉傑 18. 煤炭工業部 部長：張霖之 19. 石油工業部 部長：余秋里 20. 地質部 部長：李四光
21. 建築工程部 部長：劉秀峰 22. 紡織工業部 部長：蔣光鼐 23. 輕工業部 部長：李燭塵 24. 鐵道部 部長：滕代遠 25. 交通部 部長：王首道 26. 郵電部 部長：朱學範 27. 農業部 部長：廖魯言（1964年9月起江一真代理） 28. 農墾部 部長：王震 29. 林業部 部長：劉文輝 30. 水利電力部 部長：傅作義 31. 勞動部 部長：馬文瑞 32. 文化部 部長：沈雁冰 33. 教育部 部長：楊秀峰 34. 衛生部 部長：李德全 35. 體育運動委員會 主任：賀龍（兼） 36. 民族事務委員會 主任：烏蘭夫（兼） 37. 對外文化聯絡委員會 主任：張奚若 38. 華僑事務委員會 主任：廖承志 39. 農業機械部 部長：陳正人 40. 第三機械工業部 部長：張連奎 → 孫志遠
