A :布氏米瓜夏魚 (Miguashaia bureaui Shultze, 1973 ),產自晚泥盆紀 弗拉斯期 的加拿大 魁北克省 米瓜夏 。B :一種重尾魚 (Diplocercides heiligostockiensis Jessen , 1966 ),產自晚泥盆紀弗拉斯期的德國 貝吉施格拉德巴赫 。C :Serenicthys kowiensis gen. et sp. nov. ,產自晚泥盆紀法門期 的南非 格拉罕鎮 。D :蒙大拿異翅魚 (Allenypterus montanus Melton, 1969 ),產自早石炭紀 納穆爾期 的美國 蒙大拿州 。E :Rhabdodema elegans (Newberry, 1856) ,產自晚石炭紀維斯發期 的美國俄亥俄州 林頓。F :西印度洋矛尾魚 (Latimeria chalumnae Smith , 1939 ),產自現今的非洲 東海岸。
根據魚類分類學網站 DeepFin 所採用的分類方案(即2017年美國 學者 Betancur-R 等人修訂的硬骨魚 系統發育 分類),在不納入史前類群的情況下,腔棘魚綱和肺魚四足綱 是構成肉鰭魚總綱 的兩大基礎分支,二者互為姊妹群 ,並與其他現生硬骨魚類形成如下分化關系:[ 2]
結合1995–2012年間的相關資料,腔棘魚綱內部假定的分化關系如下(符號 † 表示已滅絕):[ 4] [ 5] [ 6] [ 7] [ 8]
肺魚四足綱 Dipnotetrapodomorpha
腔棘魚綱
†米瓜夏魚科
†Gavinia
†米瓜夏魚屬 Miguashaia
Miguashaiidae
†重尾魚科
†Dictyonosteus
†重尾魚屬 Diplocercides
Diplocercidae
Hadronectoridae
†Hadronector
†異翅魚屬 Allenypterus
†Holopterygius
†Lochmocercus
†Polyosteorhynchus
†Rhabdodermatidae
†Rhabdoderma
†Caridosuctor
†Synaptotylus
†Sassenia
†腔棘魚科
†Axelia
†腔棘魚屬 Coelacanthus
†Wimania
†Ticinepomis
Coelacanthidae
†前鰭魚科
†Coccoderma
†前鰭魚屬 Laugia
†Trachymetopon
Laugiidae
†Spermatodus
腔棘魚目 Coelacanthiformes
Coelacanthimorpha
腔棘魚綱 Coelacanthimorpha (符號 † 表示已滅絕)
†米瓜夏魚科 Miguashaiidae(泥盆紀 )
†Gavinia
†米瓜夏魚屬 Miguashaia
†重尾魚科 Diplocercidae(泥盆紀至石炭紀 早期)
†Dictyonosteus
†重尾魚屬 Diplocercides (Nesides )
†瞬魚科 Hadronectoridae(並系群 )
†異翅魚屬 Allenypterus
†瞬魚屬 Hadronector
†全鰭魚屬 Holopterygius
†Lochmocercus
†多鼻骨魚屬 Polyosteorhynchus
†Spermatodus
†棒魚科 Rhabdodermatidae(石炭紀)
†吮蝦魚屬 Caridosuctor
†棒魚屬 Rhabdoderma
†Sassenia
†前鰭魚科 Laugiidae(三疊紀 晚期至白堊紀 晚期)
†Coccoderma
†前鰭魚屬 Laugia
†Trachymetopon
腔棘魚目 Coelacanthiformes(泥盆紀早期至今)
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