陆军第三镇清朝末年军队现代化改革之后建立的新军之一,规模与现代军事的级部队相等。于1904年组建,士兵主要来自山东、河南、安徽。原驻直隶保定。1906年跟随徐世昌东三省总督,调防至吉林省吉林市长春宁安延吉奉天省锦州等处地。

该镇是袁世凯北洋系嫡系部队。在清朝时代指挥过该部队的统制段祺瑞曹锟。第三镇下辖第5协和第6协。辛亥革命时,第5协统领卢永祥,第6协统领陈文运。宣统二年(1911)辛亥革命后,第三镇转移至山西省,镇压在山西省新军组织的革命政府。

中华民国成立后第三镇改名陆军第三师,调防北京,师长仍由曹锟担任,在民国军阀政治光谱中,第三师属于直系军阀中的曹锟系统部队,在后来的军阀战争中第三师所支持的镇营多是和直系相关。民国元年(1912)2月29日,该部队第5协第9标率先发生“北京兵变”。由于此事件使袁世凯获得足够理由拒绝南下就任大总统,而留在北京任职。

民国五年(1916)护国战争爆发后,第三师由曹锟率领进入四川省企图击败护国军,作战未有结果前袁世凯病死,洪宪帝制终结,第三师在战后调回直隶省。民国七年(1918)吴佩孚升任师长萧耀南任总参议。

民国十三年(1924)的第二次直奉战争中,因吴佩孚部队遭到夹攻,最后直系战败,吴佩孚率领2千余残兵自天津南下,第三师也遭到奉系军阀下令解散。

民国十五年(1926),吴佩孚复出,在河南省重建第三师,师长张席珍。此部队因战力不足,并没有投入同年在湖北对抗国民革命军之作战,而是滞留在河南,民国十六年(1927)奉系军阀进入河南后遭到张作霖收编,部队遭到解编,张席珍北遁天津,就此退出军界。

1904年,张绍曾曾任炮兵第三标标统。1906年,吴佩孚曾任炮兵第三标第一营管带