陸軍第三鎮清朝末年軍隊現代化改革之後建立的新軍之一,規模與現代軍事的級部隊相等。於1904年組建,士兵主要來自山東、河南、安徽。原駐直隸保定。1906年跟隨徐世昌東三省總督,調防至吉林省吉林市長春寧安延吉奉天省錦州等處地。

該鎮是袁世凱北洋系嫡系部隊。在清朝時代指揮過該部隊的統制段祺瑞曹錕。第三鎮下轄第5協和第6協。辛亥革命時,第5協統領盧永祥,第6協統領陳文運。宣統二年(1911)辛亥革命後,第三鎮轉移至山西省,鎮壓在山西省新軍組織的革命政府。

中華民國成立後第三鎮改名陸軍第三師,調防北京,師長仍由曹錕擔任,在民國軍閥政治光譜中,第三師屬於直系軍閥中的曹錕系統部隊,在後來的軍閥戰爭中第三師所支持的鎮營多是和直系相關。民國元年(1912)2月29日,該部隊第5協第9標率先發生「北京兵變」。由於此事件使袁世凱獲得足夠理由拒絕南下就任大總統,而留在北京任職。

民國五年(1916)護國戰爭爆發後,第三師由曹錕率領進入四川省企圖擊敗護國軍,作戰未有結果前袁世凱病死,洪憲帝制終結,第三師在戰後調回直隸省。民國七年(1918)吳佩孚升任師長蕭耀南任總參議。

民國十三年(1924)的第二次直奉戰爭中,因吳佩孚部隊遭到夾攻,最後直系戰敗,吳佩孚率領2千餘殘兵自天津南下,第三師也遭到奉系軍閥下令解散。

民國十五年(1926),吳佩孚復出,在河南省重建第三師,師長張席珍。此部隊因戰力不足,並沒有投入同年在湖北對抗國民革命軍之作戰,而是滯留在河南,民國十六年(1927)奉系軍閥進入河南後遭到張作霖收編,部隊遭到解編,張席珍北遁天津,就此退出軍界。

1904年,張紹曾曾任炮兵第三標標統。1906年,吳佩孚曾任炮兵第三標第一營管帶