阿爾泰辦事長官是中華民國初年於阿爾泰設置的地方辦事長官。
1912年中華民國成立後,改阿爾泰辦事大臣為阿爾泰辦事長官,駐承化寺。其轄地又稱「阿爾泰區域」,直屬於中華民國國務院。但阿爾泰地方屢受俄國、外蒙古軍隊侵擾,賴新疆省軍隊支援才得以保全。1919年,北洋政府改阿爾泰為阿山道,併入新疆省。阿爾泰辦事長官改為阿山道尹,首任道尹為周務學。