青衣天后古庙历经两次迁址。最早期的庙址位于荃湾圣溪湾,又称三百钱(今荃湾海滨花园旁),即青荃桥之下,因庙墙为白色,故称为“白庙”。乡民在该处响钟时,对岸一处却发出回音,故于清朝乾隆六年(1741年)将该庙迁往此地,即青衣警署现址。该庙曾于1926年及1962年重修。1983年,政府发展青衣岛,并选择在庙址兴建青衣警署,该庙再南迁到现址。为免警署影响庙宇风水,新庙还耗资24万港元加建喷水池、假石山和牌楼。
青衣天后诞庆祝天后诞的活动于农历四月初一至初五举行,包括表演中国传统大戏及花炮比赛,近年也设有夜市。