Rf1病毒
蝙蝠冠状病毒Rf1（Bat SARS CoV Rf1/2004）是严重急性呼吸系统综合症相关冠状病毒（SARSr-CoV）的一个病毒株，为SARS-CoV相关病毒，在中国湖北的马铁菊头蝠样本中发现，于2005年发表。
Rf1病毒
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病毒分类 
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| （未分级）： | 病毒 Virus |
| 域： | 核糖病毒域 Riboviria |
| 界： | 正核糖病毒界 Orthornavirae |
| 门： | 小核糖病毒门 Pisuviricota |
| 纲： | 小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes |
| 目： | 套式病毒目 Nidovirales |
| 科： | 冠状病毒科 Coronaviridae |
| 属： | 乙型冠状病毒属 Betacoronavirus |
| 亚属： | SARS乙型冠状病毒亚属 Sarbecovirus |
| 种： | Rf1病毒 SARSr-CoV
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| 毒株： | Rf1病毒 Rf1
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发现
编辑2004年3月至11月，研究人员在中国广东、天津、广西与湖北四省市采集蝙蝠样本，在湖北宜昌马铁菊头蝠的粪便样本中发现SARS相关病毒，即Rf1病毒，于2005年和Rp3病毒与Rm1病毒一起被发表[1]。
基因组
编辑Rf1病毒的基因组长29709nt[2]，序列与SARS-CoV的相似度为87.8%[3]，其ORF8和人类以外的大多数SARSr-CoV一样有一段长29nt的插入序列，为一完整的开放阅读框，人类的ORF8则因缺少此序列而被分成8a与8b两个较小的开放阅读框。Rf1与人类SARS病毒ORF8辅助蛋白大小完全相同（由122个胺基酸组成），两者胺基酸序列相似度为80%，相较之下Rp3与Rm1和SARS-CoV的ORF8胺基酸序列相似度仅有35%，但在刺突蛋白的S1区域，Rf1与Rp3及Rm1的关系比与SARS-CoV的关系接近，显示这些病毒曾有基因重组发生[1]。另外Rf1与许多蝙蝠SARSr-CoV一样在刺突蛋白的受体结合结构域（receptor binding domain, RBD）有两段分别长5和12个胺基酸的序列缺失（但不见于WIV1病毒与SHC014病毒）[4]。
演化树
编辑截至2021年1月[update]，SARS-CoV与相关病毒株的系统发生树：
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SARS-CoV-2 79 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
参考文献
编辑
- ^ 1.0 1.1 1.2 1.3 Li, Wendong; Shi, Zhengli; Yu, Meng; Ren, Wuze; Smith, Craig; Epstein, Jonathan H.; Wang, Hanzhong; Crameri, Gary; Hu, Zhihong; Zhang, Huajun; Zhang, Jianhong. Bats Are Natural Reservoirs of SARS-Like Coronaviruses. Science. 2005-10-28, 310 (5748). ISSN 0036-8075. doi:10.1126/science.1118391 （英语）.
- ^ Bat SARS coronavirus Rf1, complete genome. NCBI. [2021-01-28]. （原始内容存档于2021-04-13）.
- ^ 3.0 3.1 Yang, Xing-Lou; Hu, Ben; Wang, Bo; Wang, Mei-Niang; Zhang, Qian; Zhang, Wei; Wu, Li-Jun; Ge, Xing-Yi; Zhang, Yun-Zhi; Daszak, Peter; Wang, Lin-Fa. Perlman, S. , 编. Isolation and Characterization of a Novel Bat Coronavirus Closely Related to the Direct Progenitor of Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus. Journal of Virology. 2016-03-15, 90 (6). ISSN 0022-538X. PMC 4810638
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- ^ 6.0 6.1 Ge, Xing-Yi; Hu, Ben; Shi, Zheng-Li. Bat Coronaviruses. Wang, Lin-Fa (编). Bats and Viruses. Hoboken, NJ: John Wiley & Sons, Inc. 2015-06-26: 127–155. ISBN 978-1-118-81882-4. doi:10.1002/9781118818824.ch5 （英语）.
- ^ He, Biao; Zhang, Yuzhen; Xu, Lin; Yang, Weihong; Yang, Fanli; Feng, Yun; Xia, Lele; Zhou, Jihua; Zhen, Weibin; Feng, Ye; Guo, Huancheng. Perlman, S. , 编. Identification of Diverse Alphacoronaviruses and Genomic Characterization of a Novel Severe Acute Respiratory Syndrome-Like Coronavirus from Bats in China. Journal of Virology. 2014-06-15, 88 (12). ISSN 0022-538X. PMC 4054348 . PMID 24719429. doi:10.1128/JVI.00631-14 （英语）.
- ^ 8.0 8.1 Ge, Xing-Yi; Li, Jia-Lu; Yang, Xing-Lou; Chmura, Aleksei A.; Zhu, Guangjian; Epstein, Jonathan H.; Mazet, Jonna K.; Hu, Ben; Zhang, Wei; Peng, Cheng; Zhang, Yu-Ji. Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013-11, 503 (7477). Bibcode:2013Natur.503..535G. ISSN 0028-0836. PMC 5389864 . PMID 24172901. doi:10.1038/nature12711 （英语）.
