用户:Alexis Zhang/沙盒/蒺藜苜蓿
蒺藜苜蓿 | |
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科学分类 | |
界: | 植物界 Plantae |
演化支: | 维管植物 Tracheophyta |
演化支: | 被子植物 Angiosperms |
演化支: | 真双子叶植物 Eudicots |
演化支: | 蔷薇类植物 Rosids |
目: | 豆目 Fabales |
科: | 豆科 Fabaceae |
亚科: | 蝶形花亚科 Faboideae |
属: | 苜蓿属 Medicago |
种: | 蒺藜苜蓿 M. truncatula
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二名法 | |
Medicago truncatula | |
异名 | |
Medicago tribuloides Desr. |
由于该物种具有小的二倍体基因组,有自育能力,生长时间短,种子产量高,易于遗传转化,并已对其基因组进行了测序,因此它被认为是豆科生物学的模式生物[2]。
它可以与固氮根瘤菌或丛枝菌根真菌(包括不规则根瘤菌)形成共生体。 又因模式植物拟南芥不会与上述真菌形成共生关系,这使它成为研究这些过程的重要工具。
基因组测序
编辑2011年,《自然》杂志发表了蒺藜苜蓿A17品种的基因组序列草案[2]。
该测序工作由研究实验室的国际合作伙伴进行,其研究人员来自奥克拉荷马大学(美国),克雷格·文特尔研究所(美国),法国国家测序中心(法国),以及维康桑格研究所(英国)。合作机构包括明尼苏达大学(美国),加利福尼亚大学戴维斯分校(美国),国家基因组资源中心(美国),约翰·英尼斯中心(英国),国立农学研究所(法国),慕尼黑蛋白质序列信息中心(德国),瓦赫宁恩大学(荷兰),以及根特大学(比利时)。Medicago truncatula测序协会始于2001年塞缪尔·罗伯茨·诺布尔基金会的种子拨款。2003年,国家科学基金会和欧盟第六框架计划,开始提供大部分资金。 到2009年,已经完成了84%的基因组组装[3]。
其基因组序列的组装,以细菌人工染色体(BACs)为载体。 这与对人类、黑腹果蝇和拟南芥的基因组测序方法相同。 2013年7月,该基因组的4.0版发布[4] 。该版本结合了鸟枪法获得的序列与基于BAC的序列集,有助于填补先前映射序列中的空白。
与此同时,国际苜蓿基因注释小组(IMGAG)负责识别和描述基因组序列中的推定基因序列。
拓展阅读
编辑参考资料
编辑- ^ Rhodes, L. Medicago truncatula. The IUCN Red List of Threatened Species (IUCN). 2016, 2016: e.T176489A19401776. doi:10.2305/IUCN.UK.2016-3.RLTS.T176489A19401776.en.
- ^ 2.0 2.1 Young, Nevin D.; Debellé, Frédéric; Oldroyd, Giles E. D.; Geurts, Rene; Cannon, Steven B.; Udvardi, Michael K.; Benedito, Vagner A.; Mayer, Klaus F. X.; Gouzy, Jérôme; Schoof, Heiko; Van de Peer, Yves; Proost, Sebastian; Cook, Douglas R.; Meyers, Blake C.; Spannagl, Manuel; Cheung, Foo; De Mita, Stéphane; Krishnakumar, Vivek; Gundlach, Heidrun; Zhou, Shiguo; Mudge, Joann; Bharti, Arvind K.; Murray, Jeremy D.; Naoumkina, Marina A.; Rosen, Benjamin; Silverstein, Kevin A. T.; Tang, Haibao; Rombauts, Stephane; Zhao, Patrick X.; Zhou, Peng; Barbe, Valérie; Bardou, Philippe; Bechner, Michael; Bellec, Arnaud; Berger, Anne; Bergès, Hélène; Bidwell, Shelby; Bisseling, Ton; Choisne, Nathalie; Couloux, Arnaud; Denny, Roxanne; Deshpande, Shweta; Dai, Xinbin; Doyle, Jeff J.; Dudez, Anne-Marie; Farmer, Andrew D.; Fouteau, Stéphanie; Franken, Carolien; Gibelin, Chrystel; Gish, John; Goldstein, Steven; González, Alvaro J.; Green, Pamela J.; Hallab, Asis; Hartog, Marijke; Hua, Axin; Humphray, Sean J.; Jeong, Dong-Hoon; Jing, Yi; Jöcker, Anika; Kenton, Steve M.; Kim, Dong-Jin; Klee, Kathrin; Lai, Hongshing; Lang, Chunting; Lin, Shaoping; Macmil, Simone L.; Magdelenat, Ghislaine; Matthews, Lucy; McCorrison, Jamison; Monaghan, Erin L.; Mun, Jeong-Hwan; Najar, Fares Z.; Nicholson, Christine; Noirot, Céline; O’Bleness, Majesta; Paule, Charles R.; Poulain, Julie; Prion, Florent; Qin, Baifang; Qu, Chunmei; Retzel, Ernest F.; Riddle, Claire; Sallet, Erika; Samain, Sylvie; Samson, Nicolas; Sanders, Iryna; Saurat, Olivier; Scarpelli, Claude; Schiex, Thomas; Segurens, Béatrice; Severin, Andrew J.; Sherrier, D. Janine; Shi, Ruihua; Sims, Sarah; Singer, Susan R.; Sinharoy, Senjuti; Sterck, Lieven; Viollet, Agnès; Wang, Bing-Bing; Wang, Keqin; Wang, Mingyi; Wang, Xiaohong; Warfsmann, Jens; Weissenbach, Jean; White, Doug D.; White, Jim D.; Wiley, Graham B.; Wincker, Patrick; Xing, Yanbo; Yang, Limei; Yao, Ziyun; Ying, Fu; Zhai, Jixian; Zhou, Liping; Zuber, Antoine; Dénarié, Jean; Dixon, Richard A.; May, Gregory D.; Schwartz, David C.; Rogers, Jane; Quétier, Francis; Town, Christopher D.; Roe, Bruce A. The Medicago genome provides insight into the evolution of rhizobial symbioses. Nature. 16 November 2011, 480 (7378): 520–524. PMID 22089132. doi:10.1038/nature10625.
- ^ http://www.medicago.org/genome/genome_stats.php[永久失效链接]
- ^ JCVI: Medicago / Home. [20 February 2017]. (原始内容存档于10 November 2013).
参考文献
编辑Courty, Pierre Emmanuel; Smith, Penelope; Koegel, Sally; Redecker, Dirk; Wipf, Daniel. Inorganic Nitrogen Uptake and Transport in Beneficial Plant Root-Microbe Interactions. Critical Reviews in Plant Sciences. 1 June 2015, 34 (1–3): 4–16. doi:10.1080/07352689.2014.897897.
外部链接
编辑- The Medicago truncatula Consortium
- Medicago truncatula Hapmap Project
- TIGR's link to Genome Browser and Gene Index
- The Medicago Gene Expression Atlas at Samuel Roberts Noble Foundation
- Medicago truncatula eFP Browser Viewer for gene expression data from the Medicago Gene Expression Atlas project, at the Provart Lab's Bio-Array Resource website
- INRA Medicago truncatula Stock Center – France
- Choi, Hong-Kyu; Mun, Jeong-Hwan; Kim, Dong-Jin; Zhu, Hongyan; Baek, Jong-Min; Mudge, Joanne; Roe, Bruce; Ellis, Noel; Doyle, Jeff; Kiss, Gyorgy B.; Young, Nevin D.; Cook, Douglas R. Estimating genome conservation between crop and model legume species. Proceedings of the National Academy of Sciences. 26 October 2004, 101 (43): 15289–15294. doi:10.1073/pnas.0402251101.
- Young, Nevin D.; Cannon, Steven B.; Sato, Shusei; Kim, Dongjin; Cook, Douglas R.; Town, Chris D.; Roe, Bruce A.; Tabata, Satoshi. Sequencing the Genespaces of Medicago truncatula and Lotus japonicus. Plant Physiology. 1 April 2005, 137 (4): 1174–1181. doi:10.1104/pp.104.057034.
- NCGR
- European Research Programmes on the model legume Medicago truncatula
- Why sequence medicago truncatula?