軟體動物分類表

軟體動物（Mollusca）可分為9個大綱，另有一綱的分類未明確，可能納入軟體動物門內，下表中帶†號的是化石類群。

單板綱（Monoplacophora）

罩螺目（Tryblidioidea）
古祐目（Archinacelloidea）†
弓殼目（Cyrtonellida）

無板綱（Aplacophora）

毛皮貝目（Caudofoveata）
新月貝目（Solenogastres）

多板綱（Polyplacophora）

古石鱉亞綱（Paleoloricata）†
- 目（Chelodida）
- 目（Septemchitonida）
石鱉亞綱（Loricata）/ 新石鱉亞綱（Neoloricata）
- 鱗側石鱉目（Lepidopleurida）
- 石鱉目（Chitonida）
  - 石鱉亞目（Chitonina）
  - 毛膚石鱉亞目（Acanthochitonida）

掘足綱（Scaphopoda）

角貝目（Dentaliida）
管角貝目（Gadilida）

雙殼綱（Bivalvia）

古列齒亞綱（Palaeotaxodonta）
- 灣錦蛤目（Nuculoida）
隱齒亞綱（Cryptodonta）
- 蟶螂目（Solemyoida）
翼形亞綱（Pteriomorphia）
- 蚶目（Arcoida）
- 貽貝目（Mytiloida）
- 珍珠貝目（Pterioida）
古異齒亞綱（Palaeoheterodonta）
- 三角蛤目（Trigonioida）
- 河蚌目（Unionoida）
異齒亞綱（Heterodonta）
- 簾蛤目（Veneroida）
- 海螂目（Myoida）
異韌帶亞綱（Anomalodesmata）
- 筍螂目（Pholadomyoida）

喙殼綱（Rostroconchia）†

利培殼目（Ribeirioida）
- 利培殼科（Ribeiriidae）
- 敏蜂殼科（Technophoridae）
強壯殼目（Ischyrinioida）
- 強壯殼科（Ischyriniidae）
錐鳥殼目（Conocardioida）
- 始翼殼超科（Eopteriacea）
  - 始翼殼科（Eopteriidae）
- 錐鳥殼超科（Conocardiacea）
  - 錐鳥殼科（Conocardiidae）
  - 勃氏殼科（Bransoniidae）
  - 馬心殼科（Hippocardiidae）

腹足綱（Gastropoda）

舊分類系統

前鰓亞綱（Prosobranchia）
- 古腹足目（Archaeogastropoda）
- 中腹足目（Mesogastropoda）
- 新腹足目（Neogastropoda）
後鰓亞綱（Opithobranchia）
- 翼足目（Pteropoda）
- 囊舌目（Sacoglossa）
- 無腔目（）
肺螺亞綱（Pulmonata）
- 基眼目（Basommatophora）
- 柄眼目（Stylommatophora）

新分類系統

前鰓類（Prosobranchia）
- 珍珠蜑螺超目（Neritopsina）
- 新進腹足超目（Caenogastropoda）
  - 吸螺目（Sorbeoconcha）
  - 主扭舌目（Architaenioglossa）
有肺類（Pulmonata）
- 縮眼目（Systellommatophora）
- 基眼目（Basommatophora）
- 真肺目（Eupulmonata）

頭足綱（Cephalopoda）

鸚鵡螺亞綱（Nautiloidea）
- 鸚鵡螺目（Nautiloidea）
- 短棒角石目（Plectronocerida）†
- 愛麗斯木角石目（Ellesmerocerida）†
- 內角石目（Endocerida）†
- 珠角石目（Actinocerida）†
- 觸環角石目（Tarphycerida）†
- 箭鈎角石目（Oncocerida）†
- 桿石目（Bactritida）†
直角石亞綱 (Orthoceratoidea) †
- 袋角石目（Ascocerida）†
- 直角石目（Orthocerida）†
- 疊盤角石目（Discosorida）†
- 假直角石目（Pseudorthocerida）†
- 喇叭角石目（Lituitida）†
菊石亞綱（Ammonoidea）†
- 擬古菊石目（Agoniatitida）
- 海神石目（Clymeniida）
- 棱菊石目（Goniatitida）
- 前碟菊石目（Prolecanitida）
- 齒菊石目（Ceratitida）
- 菊石目（Ammonitida）
鞘亞綱（Coleoidea）
- 箭石下綱（Belemnoidea）†
  - 血箭石目（Hematitida）
  - 溝箭石目（Aulacocerida）
  - 閉箭石目（Phragmoteuthida）
  - 箭石目（Belemnitida）
  - 雙箭石目（Diplobelida）
- 新蛸下綱（Neocoleoidea）
  - 十腕總目 Decapodiformes
    - 目（Boletzkyida）?†
    - 烏賊目（Sepioidea）
    - 耳烏賊目（Sepiolida）
    - 旋烏賊目（Spirulida）
    - 槍形目（Teuthoidea）
      - 開眼亞目（Oegopsida）
      - 閉眼亞目（Myopsida）
  - 八腕總目（Octopodiformes）
    - 八腕目（Octopoda）
      - 有鬚亞目（Cirrata）
      - 無鬚亞目（Incirrata）
    - 幽靈蛸目（Vampyromorpha）
      - 亞目（Kelaenina）?†
      - 原槍形亞目（Prototeuthina）†
      - 中魷亞目（Mesoteuthina）†
      - 幽靈蛸亞目（Vampyromorphina）
    - 口噬目（Trachyteuthis）†

太陽女神螺綱（Helcionelloida）†

古鰓亞綱（Archaeobranchia）
- 太陽女神螺形目（Helcionelliformes）
- 目（Pelagiellifomes）
亞綱（Divasibranchia）
- 目（Khairkhaniifomes）
右鰓亞綱（Dextrobranchia）
- 目（Onychochiliformes）

竹節石綱（Tentaculita）†

竹節石目（Tentaculitida）
等環節石目（Homoctenida）
珠胚節石目（Dacryoconarida）

可能納入軟體動物門，分類未明確。