软体动物(Mollusca)可分为9个大纲,另有一纲的分类未明确,可能纳入软体动物门内,下表中带†号的是化石类群。
- 罩螺目(Tryblidioidea)
- 古祐目(Archinacelloidea)†
- 弓壳目(Cyrtonellida)
- 古石鱉亞綱(Paleoloricata)†
- 目(Chelodida)
- 目(Septemchitonida)
- 石鱉亞綱(Loricata)/ 新石鱉亞綱(Neoloricata)
- 前鳃亚纲(Prosobranchia)
- 古腹足目(Archaeogastropoda)
- 中腹足目(Mesogastropoda)
- 新腹足目(Neogastropoda)
- 后鳃亚纲(Opithobranchia)
- 肺螺亚纲(Pulmonata)
- 基眼目(Basommatophora)
- 柄眼目(Stylommatophora)
- 前鰓類(Prosobranchia)
- 有肺類(Pulmonata)
- 縮眼目(Systellommatophora)
- 基眼目(Basommatophora)
- 真肺目(Eupulmonata)
- 鹦鹉螺亚纲(Nautiloidea)
- 直角石亚纲 (Orthoceratoidea) †
- 菊石亚纲(Ammonoidea)†
- 鞘亚纲(Coleoidea)
- 箭石下綱(Belemnoidea)†
- 新蛸下綱(Neocoleoidea)
- 十腕總目 Decapodiformes
- 目(Boletzkyida)?†
- 乌贼目(Sepioidea)
- 耳烏賊目(Sepiolida)
- 旋烏賊目(Spirulida)
- 枪形目(Teuthoidea)
- 八腕總目(Octopodiformes)
- 八腕目(Octopoda)
- 幽灵蛸目(Vampyromorpha)
- 亞目(Kelaenina)?†
- 原枪形亞目(Prototeuthina)†
- 中魷亞目(Mesoteuthina)†
- 幽靈蛸亞目(Vampyromorphina)
- 口噬目(Trachyteuthis)†
- 古鰓亞綱(Archaeobranchia)
- 太陽女神螺形目(Helcionelliformes)
- 目(Pelagiellifomes)
- 亞綱(Divasibranchia)
- 右鰓亞綱(Dextrobranchia)